Fiszki
Inżynieria genetyczna
Test w formie fiszek
Ilość pytań: 81
Rozwiązywany: 1382 razy
Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji ?
interferencja RNA
nokaut genu z systemem rekombinacji Cre-Lox / LOP-Cre
nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego
nokaut genu
nadeksperesja produktu allelu dominującego negatywnego
interferencja RNA
nadeksperesja produktu allelu dominującego negatywnego
Cechy charakterystyczne dla ligazy:
tworzy wiązanie pomiędzy grupa 5’-OH a 3’-fosforanową
żadna z powyższych
syntetyzuje DNA na matrycy RNA
potrzebuje ATP lub NAD
z taką samą efektywnością łączy końce lepkie, jak i tępe
potrzebuje ATP lub NAD
Jakie czynniki są w mieszaninie reakcyjnej w metodzie dideoksy Sangera?
2’5’ - dideoksyanologi – 2’,3’-dideoksyanalogi
2’3’ – dideoksyanologi jednego z 4 nukleotydow
trifosforany nukleozydów (NTP)
2’3’ – dideoksyanologi wszystkich 4 nukleotydów
a) dNTP
2’3’ – dideoksyanologi wszystkich 4 nukleotydów
a) dNTP
Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w sekwencjonowaniu termicznym (thermal cycle sequencing) musi zawierać:
dNTP
fragment Klenowa termostabilna polimeraza (np. Taq)
2’,3’-dideoksyanalogi czterech nukleotydów
trifosforany rybonukleozydów
2’,3’-dideoksyanalog jednego z czterech nukleotydów
dNTP
2’,3’-dideoksyanalogi czterech nukleotydów
Do czego można użyć techniki PCR?
do bezpośredniego powielenia fragmentu RNA, jeżeli znamy sekwencje sąsiadujące z tym fragmentem (sekwencje okalające)
przygotowania, która posłuży analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)
bezpośredniej izolacji (powielenia) fragmentu / sekwencji genu prokariotycznego
Przeprowadzenia wszystkich eksperymentów, wymienionych w punktach A), B), C) i D) / wszystkie odpowiedzi są prawdziwe
do przygotowania / konstruowania sondy DNA w celu przeszukiwania biblioteki cDNA
przygotowania, która posłuży analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)
do przygotowania / konstruowania sondy DNA w celu przeszukiwania biblioteki cDNA
Po PCR otrzymuje się fragment zawierający AAA na 3’końcu. Czego należy użyć, aby w 1 etapie otrzymać DNA o końcach tępych i wbudować do wektora, którego końce zaopatrzone są w sekwencję złożoną z TTT? / Jak należy skonstruować prawidłowy wektor dla tego fragmentu?
terminalna transferaza
dTTP
dideoksy TTP
polimeraza Taq
odwrotna transkryptaza
polimeraza Vent
polimeraza Vent
Co potrzeba do złączenia wektora linearnego o tępych końcach z produktem reakcji PCR prowadzonej za pomocą polimerazy Taq?
dTTP
polimeraza Taq
polimeraza Vent
transferaza terminalna
dATP
polimeraza Vent
Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?
pochodne faga lambda mogą służyć do klonowania cDNA i DNA
większość pochodnych faga lambda jest pozbawiona insertu odpowiedzialnego za lizę komórki gospodarza
pochodne faga lambda mają inserty, które umożliwiają mu wbudowywanie się do komórki (konieczne d integracji i wycięcia DNA faga z chromosomu)
do wektora jego pochodnej można wklonować insert o długości 53kb
po jego replikacji w komórce gospodarza powoduje lizę komórki
większość pochodnych faga lambda jest pozbawiona insertu odpowiedzialnego za lizę komórki gospodarza
pochodne faga lambda mają inserty, które umożliwiają mu wbudowywanie się do komórki (konieczne d integracji i wycięcia DNA faga z chromosomu)
do wektora jego pochodnej można wklonować insert o długości 53kb
Było podane 5 enzymów restrykcyjnych. Wskazać, które mogą być użyte, żeby otrzymać lepkie końce? GC str 53
EcoRI
PvuII
Bgl II
AluI
HindIII
EcoRI
Bgl II
HindIII
Szczególnie użytecznymi cechami wektora używanego do klonowania są:
posiadanie promotora T7 i genu markerowego
zdolność do autonomicznej replikacji i posiadanie sekwencji wielokrotnego klonowania
wirulentność i lizogeniczność
duża ilość kopii i występowanie w nim genu markerowego
zdolność do integracji w chromosomie komórki gospodarza a następnie indukcja cyklu litycznego
posiadanie promotora T7 i genu markerowego
zdolność do autonomicznej replikacji i posiadanie sekwencji wielokrotnego klonowania
duża ilość kopii i występowanie w nim genu markerowego
Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu:
ATP znakowany w pozycji alfa
dGTP, znakowany w pozycji alfa
[alfa-32P]-dATP
dATP, znakowany 32P w pozycji gamma
[gamma-32P]-ATP
[gamma-32P]-ATP
EMSA, jakie odczynniki potrzebne?
ATP z 32P w pozycji y
[32 P alfa ATP]
dGTP
dATP z 32P
ATP z 32P w pozycji y
Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :
reakcja przy udziale polimerazy DNA I
denaturacja DNA i elektroforeza
znakowanie DNA przy wykorzystaniu gama -32P -ATP
reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy DNA na bazie RNA
znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP
reakcja przy udziale polimerazy DNA I
znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP
Cztery klony BAC fragmentów ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecność
sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecność w poszczególnych genach przedstawia
tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecność STS w danym klonie:
A-B-C-D
A-B-D-C
C-A-D-B
D-A-C-B
D-C-B-A
D-A-B-C
D-A-B-C
Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :
5’ATGCA3’
5’TTGCA3’
zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa
3’TACGT5’
5’TGCAT3’
3’ACGTT5’
5’ATGCA3’
10. Podane niżej enzymy restrykcyjne trawią DNA w specyficznych miejscach (jak poniżej) :
Wszystkie one hydrolizują wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy pierwszym a drugim nukleotydem (licząc od 5' końca każdej linii – czyli lepkie końce robią), przy czym produkty (tu niestety brak
tresci ale to raczej malo istotne)
Spośród podanych poniżej zdań proszę wybrać prawdziwe:
np.NheI i Xbal są izoschizomerami
NheI i Xbal są kaudomerami
np fragmenty poddane restrykcji przez EcoRi i BamHI mogą byc smialo ze soba zligowane (to samo co C )
EcoRI i BamHI to izoschizomery
fragmenty poddane restrykcji przez NheI i Xbal mogą byc smialo ze soba zligowane
NheI i Xbal są kaudomerami
fragmenty poddane restrykcji przez NheI i Xbal mogą byc smialo ze soba zligowane
Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcąc go wykryć użyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Była to metoda fluorescencyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano
2 sygnały fluorescencyjne
2 pary sygnałów fluorescencyjne
4 pary sygnałów
2 sygnały fluorescencyjne blisko siebie
4 sygnały blisko siebie
2 pary sygnałów fluorescencyjne
Odwrotna genetyka (reverse genetics) to metoda badawcza, której celem jest określenie funkcji genu, na drodze eksperymentalnej. Które z poniższych stwierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do odwrtonej genetyki:
po wprowadzeniu kasety opisanej w punkcie d) ma miejsce rekombinacja homologiczna; zachodzi ona pomiędzy genem nadającym komórkom cechę oporności na działanie antybiotyku a badanym genem, co skutkuje zastąpieniem sekwencji badanego genu sekwencją nadającą komórkom cechę oporności na działanie antybiotyku
polega na identyfikacji genów, których mutacja skutkuje zmutowanym fenotypem
d) przykładem typowego eksperymentu genetyki jest inaktywacja S. cerevisiae; wykorzystuje się w nim kasetę zawierającą gen nadający komórkom cechę oporności na działanie antybiotyku oraz fragmenty sekwencji badanego genu
polega na analizie zmian fenotypowych będących skutkiem mutacji analizowanego genu
wymaga ona użycia odwrotnej transkryptazy (reverse transcriptase)
d) przykładem typowego eksperymentu genetyki jest inaktywacja S. cerevisiae; wykorzystuje się w nim kasetę zawierającą gen nadający komórkom cechę oporności na działanie antybiotyku oraz fragmenty sekwencji badanego genu
polega na analizie zmian fenotypowych będących skutkiem mutacji analizowanego genu
SAGE (serial analysis of gene expression) czyli seryjna analiza ekspresji genów to metoda:
w której, na koncu postępowania, sekwencjonowaniu poddawany jest fragment DNA, zawierający krotkie sekwencje (ok. 12pz; reprezentujące transkrypty) oddzielone sekwencjami o długości 4 pz rozpoznawanymi i trawionymi przez enzym restrykcyjny (np. Alut)
której głównym celem jest badanie składu transkryptomu
w której korzysta się z chromatografii, bazującej na oddziaływaniu sekwencji konca 5’ transkryptu i immobilizowanego oligo(dT)
która pozwala na identyfikację transkryptu występującego w bardzo dużych ilościach w analizowanym transkryptomie
której głównym celem jest badanie składu transkryptomu
która pozwala na identyfikację transkryptu występującego w bardzo dużych ilościach w analizowanym transkryptomie
Drożdżowy system dwuhybrydowy może być użyty do bezpośredniej identyfikacji:
dwóch białek zaangażowanych w ten sam szlak metaboliczny
wszystkich składników kompleksu wielobiałkowego (w jednym eksperymencie)
białek człowieka potrzebnych do wiązania promotora genu
dwóch białek oddziałujących ze sobą
białek zdolnych do oddziaływania z badanym białkiem, spośród białek których cDNA zawarte są w bibliotece cDNA
dwóch białek oddziałujących ze sobą
białek zdolnych do oddziaływania z badanym białkiem, spośród białek których cDNA zawarte są w bibliotece cDNA
Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji:
nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego
nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego
metoda wykorzystująca system rekombinacyjny LoxP-Cre
nokaut genu
nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego
metoda wykorzystująca system rekombinacyjny LoxP-Cre
nokaut genu