Strona 2
Inżynieria genetyczna
Pytanie 9
Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:
20kb
8kb
40kb
100kb
Pytanie 10
Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:
sa oporne na dzialanie neomycyny
zawierają 1 allel zmutowany i 1 typ dzikiego genu XYZ
zawierają oba allele typu dzikiego
poddawane są selekcji, ktorej celem jest wybrac te w ktorych zaszla rekombinacja niehomologiczna
zawieraja gen Tk
Pytanie 11
W pewnym laboratorium prowadzono badania, których celem było scharakteryzowanie
aktywatora transkrypcji genu glukokinazy wątrobowej. W tym celu korzystając z odpowiedniej biblioteki sklonowano gen, z wysokim prawdopodobienstwem kodujący ten aktywator. W celu eksperymentalnego potwierdzenia, że otrzymany DNA rzeczywiście koduje aktywator posłużono się testem zilustrowanym na przedstawionym poniżej schemacie. W teście tym wykorzystano dwa
plazmidy - jeden z nich zawierał gen kodujący aktywator, drugi gen reporterowy. Plazmidami tymi transfekowano odpowiednie komórki. Które z poniższych twierdzeń są prawdziwe w odniesieniu do testu zilustrowanego na schemacie
pojawienie się transkryptów genu reporterowego w komórce zalezy od oddziaływania produktu sklonowanego genu z elementem regulatorowym, kontrolującym transkrypcję genu reporterowego
plazmid oznaczony numerem 1 zawiera gen reporterowy, a plazmid oznaczony numerem 2 gen kodujący aktywator
żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe
plazmid oznaczony numerem 2 zawiera gen reporterowy, a plazmid oznaczony numerem 1 gen kodujący aktywator
element regulatorowy, obecny w plazmidzie z genem reporterowym, to sekwencja specyficznie wiążąca produkt genu reporterowego
Pytanie 12
Spośród podanych poniżej zestawów proszę wybrać zawierający najwłaściwsze uzupełnienia dla następującego twierdzenia: “ddNTP, używany do sekwencjonowania DNA metodą Sangera charakteryzuje się tym, że nie posiada on ….......
przy węglach …..... i ”
karboksyl, 2’, 3’
OH, 2’, 3’
OH, 2’, 5’
metyl, 2’, 3’
żaden z powyższych
Pytanie 13
Jednym z etapów eksperymentu zmierzającego do izolacji nieznanego czynnika transkrypcji (represora XYZ) była chromatografia jonowymienna. W celu identyfikacji frakcji zwierających ten
czynnik posłużono się techniką odcisku stopy z wykorzystaniem DNazy I (ang. Dnase I footprinting). Jako sondę użyto znakowany radioizotopowo fragment DNA zawierający sekwencje elementu regulatorowego specyficznie oddziałującego z represorem XYZ. Na rysunku poniżej przedstawiono wyniki analizy autoradiograficznej żelu poliakrylamidowego otrzymanego po wykonaniu DNase I footprinting dla 22 frakcji (od 1 do 22) jakie otrzymano po chromatografii. Na autoradiogramie widoczne są też inne kontrolne/ pomocnicze ślady. Na podstawie analizy autoradiogramu można przypuszczać, że:
ślad oznaczony literami FT to ślad kontrolny, który z całą pewnością nie zwiera represora XYZ
ślad oznaczony literą O odpowiada preparatowi naniesionemu na kolumnę jonowymienną, czyli poddawanemu na niej rozdziałowi
ślad oznaczony literą NE odpowiada preparatowi naniesionemu na kolumnę jonowymienną, czyli poddawanemu na niej rozdziałowi
we frakcji 18 obecny jest represor XYZ
represor jest z całą pewnością obecny we frakcjach od 9 do 12
Pytanie 14
W celu wyznaczenia sekwencji 5’ końca transkryptu można posłużyć się metodą RACE. Kluczowym etapem RACE jest synteza polinukleotydu komplementarnego do transkryptu. Spośród enzymów/ odczynników podanych poniżej proszę wybrać te, które mogą być w tym celu użyteczne:
dNTP
krótki oligonukleotyd komplementarny do sekwencji genu kodującego transkrypt
starter oligo (T)
odwrotna transkryptaza
fragment Klenowa polimerazy DNA I
oligo dT
Pytanie 15
Indukowane przez wirusa wyciszanie genów (virus induced gene silencing VIGS) to technika:
w której wykorzystuje się naturalna zdolność/ skłonność wirusów gemini do rearanżacji i delecji
w której wykorzystuje się naturalny mechanizm obronny komórek roślinnych przed infekcją wirusową- skutkujący degradacją genomu wirusa
która pozwala określić funkcje genu na podstawie skutków/ zmian jakie powoduje degradacja jego transkryptu
którą stosuje się przede wszystkim do badania funkcji genów wirusów roślinnych
której kluczowym elementem jest wektor będący pochodną wirusa gemini zawierający gen roślinny, którego funkcja jest badana
Pytanie 16
Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do eksperymentu pirosekwencjonowania DNA?
podczas pirosekwencjonowania długość emisji światła (chemiluminescencji) resjtrowana po inkubacji z kolejnym dNTP, zależy od ilości uwolnionych cząsteczek pirofosforanu, a więc od ilości wbudowanych reszt.
sekwencjonowanie tą metodą wymaga otrzymania ss DNA
jednoczesne równoległe pirosekwencjonowanie wielu fragmentów DNA jest wykonywane po PCR w emulsji, PCR jest przeprowadzane niezależnie dla każdego fragmentu, jednak z użyciem różnych starterów
pojedynczy eksperyment pirosekwencjonowania pozwala na poznanie dłuższej sekwencji niż w metodzie Sangera
Ciąg zasady daje mocniejszy sygnał
podczas pirosekwencjonowania sekwencja jest odczytywana na podstawie informacji o wbudowaniu kolejnych dideoksynukleotydów