Inżynieria genetyczna

Eksperyment, którego celem jest określenie profilu genetycznego w oparciu o PCR, w trakcie którego wykorzystywanych jest jednocześnie kilka różnych zestawów starterów, nazywamy:

Które z opisanych poniżej problemów/ zjawisk mogą być przyczyną nieskutecznej ekspresji cDNA genu eukariotycznego w komórce bakteryjnej, przejawiającej się brakiem rozpuszczalnego produktu białkowego:

Które poniższych enzymów nie są potrzebne przy tworzeniu cDNA na matrycy z mRNA

W celu przeprowadzenia trawienia enzymem restrykcyjnym XYZ do 14ml próbki zawierającej DNA dodano 2 ml odpowiedniego dla tego enzymu buforu, 2 ml roztworu zawierającego enzym i 2 ml wody destylowanej, tak przygotowana mieszanina reakcyjna pozwoliła na otrzymanie prawidłowych i z dobrą wydajnością produktów. Wiedząc, że optymalne dla enzymu XYZ stężenie NaCl wynosi 100mM można wywnioskować iż w buforze wyjściowym wartość stężenia tej soli wynosi:

Komórki większości szczepów bakteryjnych, używanych w laboratorium inżynierii genetycznej, mogą być hodowane w pożywce płynnej. Dostarcza ona różnych składników potrzebnych dla wzrostu kultury bakteryjnej. Jedną ze znanych pożywek jest minimalna pożywka M9. Które z podanych poniżej charakterystyk/opisów są prawdziwe w odniesieniu do pożywki M9:

Profilowane genetyczne wymaga identyfikacji wariantów sekwencji typu STR (short tandem repeats) w allelach. W tym celu wykonywany jest PCR a następnie analiza produktów amplifikacji. Typowa analiza polega na określeniu:

W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. Bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe :

Spośród podanych poniżej temperatur hybrydyzacji proszę wybrać tę, która pozwoli z najwyższym prawdopodobieństwem na wydajne otrzymanie specyficznego produktu w PCR przeprowadzonym przy udziale następującej pary starterów 5’GGTAATCGGTTAGGCTCC3’oraz 5’GGAGCCTAACCGATTACC3’

Anemia sierpowata jest wynikiem mutacji występującej w recesywnym allelu genu (jakimś tam). Mutacja powoduje, iż w genomie brak jest charakterystycznego dla sekwencji dzikiej miejsca restrykcyjnego Mst II. W konsekwencji analiza Southerna( Southern Blotting) identyfikuje tylko jeden fragment DNA (1.3 kb) dla allelu zmutowanego i dwa fragmenty (1,1 kb i 0,2 kb) dla allelu dzikiego gdy przed analizą DNA jest trawiony enzymem Mst II. Poniżej podano opisy różnych wyników analizy Southerna. Który z nich odpowiada parze rodziców, których dziecko z 25 % prawdopodobieństwem będzie chore na anemię sierpowatą:

Poniżej przedstawiono wynik analizy elektroforetycznej produktów PCR otrzymanych w wyniku eksperymentu, którego celem było oznaczenie płci na podstawie analizy DNA wyizolowanego z próbek archeologicznych. Ślad 1 standard wagowy (marker), ślady 2,3,4 analiza 3 produktów PCR. Podczas eksperymentu zastosowano typowe dla tego typu analizy startery, które eliminują możliwość otrzymania niejednoznacznego wyniku, gdy PCR nie będzie miało miejsca- na przykład z powodu słabej jakości matrycy. Które z poniższych stwierdzeń są prawdziwe:

Wektor plazmidowy posiada gen markerowy Amp odpowiadający za odporność transformowanych bakterii na ampicylinę. Jedno z miejsc restrykcyjnych zlokalizowanych w obrębie sekwencji wielokrotnego klonowania (MCS) tego wektora zostało strawione enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób zlinearyzowany plazmid ligowano z biblioteką fragmentów DNA o komplementarnych do wektora końcach. Biblioteka zastała otrzymana z plazmidu odpowiedzialnego za oporność niektórych szczepów bakteryjnych na działanie ampicyliny, chloramfenikolu, erytromycyny i innych antybiotyków. Poniżej podano zawartość antybiotyków w kilku różnych podłożach stałych. Które z tych podłoży mogą być użyte do wyselekcjonowania klonu zawierającego gen kodujący acetylotransferazę chloramfenikolu, enzym który modyfikując chloramfenikol zmienia go w związek nietoksyczny dla komórek bakteryjnych?

Wektor plazmidowy poddany linearyzacji enzymem EcoRI został, bezpośrednio po inaktywacji enzymu, użyty do ligacji z ds. DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów (insert); syntetyczny ds. DNA został tak zaprojektowany, iż posiada końce identyczne z końcami wektora (EcoRI). Mieszaniną koligacyjną poddano transformacji komórki bakteryjne i wysiano je na podłoże zawierające odpowiedni dla wektora antybiotyk. Które z podanych poniżej twierdzeń są prawdziwe ( zakładamy, że analizie poddano odpowiednio dużą ilość klonów):

Przy pomocy techniki primer extension można mapować 5’ koniec transkryptu. W tym samym celu można też posłużyć się techniką wykorzystującą nukleazę S1 (S1 mapping). Która z podanych poniżej czynności/informacji nie ma miejsca ( nie jest prawdziwa) w przypadku pierwszej z wymienionych technik?

Które z twierdzeń dotyczących reakcji łańcuchowej polimeryzacji (PCR) są prawdziwe?

Wektor kosmidowy został poddany ligacji z fragmentami DNA o przypadkowej (różnej) długości w celu przygotowania biblioteki genomowej człowieka. Maksymalna długość insertów składających się na bibliotekę będzie najprawdopodobniej wynosić:

W pewnym laboratorium postanowiono zidentyfikować w bibliotece cDNA pochodzącej z komórek człowieka klon odpowiadający genowi XYZ. W tym celu postanowiono posłużyć się techniką hybrydyzacji z użyciem sondy, będącej fragmentem cDNA genu homologicznego, zidentyfikowanego uprzednio podczas analizy klonów, pochodzących z biblioteki otrzymanej z komórek Drosophila melanogaster. Jaka, Twoim zdaniem, powinna być temperatura hybrydyzacji sondy z repliką biblioteki, zawierającej klon poszukiwanego genu, wykonaną na krążku nitrocelulozowym?

Które z podanych poniżej enzymów będą dawały produkty, które można poddać, bez dodatkowych zabiegów, radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [α32P]-dATP i fragmentu Klenowa? W nawiasach podano sekwencje, dla uproszczenia tylko jednej z nici, rozpoznawanej przez odpowiednie enzymy, gwiazdka oznacza położenie trawionego wiązania fosfodiestrowego.

Które z podanych poniżej informacji są prawdziwe w odniesieniu do ligacji fragmentów DNA o koncach tępych przy pomocy topoizomerazy DNA?

Wektor będący pochodną faga lambda (lambda EMBL4; replacement vector) poddano trawieniu enzymem EcoRI, a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób “ramiona” wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości około 20 kb. Po ligacji upakowano fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łysinek i zidentyfikowano takie, które zawierały:

Produkty PCR, otrzymane przy pomocy polimerazy Taq zazwyczaj zawierają na swoich 5’ koncach niesparowane reszty A. Fakt ten można wykorzystać do klonowania tych produktów przy pomocy zlinearyzowanego, tzn. występującego w formie liniowej cząsteczki ds DNA, wektora plazmidowego posiadajacego na 3’ końcach komplementarne do produktu PCR reszty. Wektor w formie bezpośrednio nadającej się do ligacji z produktami PCR można otrzymac w laboratorium. W tym celu wektor plazmidowy jest trawiony w obrębie sekwencji polilinkerowej przez enzym restrykcyjny, którego produkty mają końce tępe. Spośród podanych poniżej enzymów/ odczynników prosze wybrać te, które pozwolą otrzymać, z tak przygotowanego wektora, wektor w formie nadającej się do klonowania zdefiniowanych powyżej produktów PCR: