Testy Fiszki Notatki

Zaloguj

Podsumowanie

biochemia 1 egzamin dobry

Podsumowanie

biochemia 1 egzamin dobry

Twój wynik

Rozwiąż ponownie

Moja historia

Wszystkie ({{dataStorage.userResults.answersTotal}})

Prawidłowe ({{dataStorage.userResults.answersGood}}) Do powtórki ({{dataStorage.userResults.answersRepeat}}) Błędne ({{dataStorage.userResults.answersBad}})

Pytanie 1

Dopasuj

witamina K

podskórne krwotoki

witamina C

szkorbut

kwas nikotynowy (niacyna)

pelagra

kwas pantotenowy

nadciśnienie

biotyna

wysypka wokół brwi, bóle mięsni, zmęczenie

witamina D

krzywica

tiamina (B1)

choroba beri beri

witamina A

ślepota, uszkodzenie dróg oddechowych, przewodu pokarmowego

Pytanie 2

Jak zmienia się powinowactwo hemoglobiny do tlenu w zależności gdy

hemoglobina rozdysocjuje na podjednostki

wzrośnie

zwiększa się ciśnienie CO2 z 10 do 40 torów

maleje

zwiększa się pH z 7,2 do 7,4

wzrośnie

dysocjacja podjednostek do monomerów

wzrośnie

wzrośnie ciśnienie CO2

maleje

wzrośnie stężenie BPG

maleje

spadnie pH

maleje

wzrośnie pH

wzrośnie

Pytanie 3

Każdemu z aktywnych przenośników wymienionych w lewej kolumnie przyporządkuj odpowiednią przenoszoną grupę

S-adenozylometionina

metylowa

ATP

fosforanowa

biotyna

CO2

urydynodifosforan glukozy

glukoza

pirofosforan tiaminy

aldehydowa

FADH2

elektrony

lipoamid

acylowa

Pytanie 4

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących przenośników drugiego rzędu są prawdziwe?

a. Permeaza laktozy w celu transportu laktozy wykorzystuje gradient jonów Na+

e. Przenośnik symportowy Na+-glukoza transportuje cząsteczki glukozy do wnętrza komórki wbrew gradientowi jej stężeń.

Stan energetyczny komórki i stosunek stężeń ATP/ADP nie ma żadnego wpływu na transport przez przenośniki drugiego rzędu, ponieważ nie przeprowadza on hydrolizy ATP

c. Przenośnik symportowy przenosi równocześnie dwie różne substancje w tę samą stronę przy czym jedną wbrew gradientowi potencjału elektrochemicznego, a druga zgodnie z tym gradientem.

d. Wymiennik Na+-Ca2+ wykorzystuje gradient jonów Na+ w celu zwiększenia stężenia jonów Ca2+ w komórce.

Pytanie 5

8 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących funkcjonowania przekaźników drugorzędowych w kaskadzie fosfatydyloinozytolowej są poprawne?

e. IP3 uwalnia jony Ca2+ z retikulum endoplazmatycznego i retikulum sarkoplazmatycznego.

a. Diacyloglicerol (DAG) aktywuje kinazę białek A (PKA)

d. PKC wymaga jonów Ca2+ do swojej aktywności.

b. Większość efektów wywołanych przez IP3 i DAG jest synergistycznych.

c. DAG zwiększa powinowactwo PKC do jonów Ca2+..

Pytanie 6

Które z poniższych stwierdzeń na temat szlaku sygnalizacyjnego opartego na kaskadzie fosfatydyloinozytolu (PIP2) są poprawne:

d. Przykładem receptora biorącego udział w kaskadzie fosfatydyloinozytolu jest receptor II angiotensyny.

b. Ponieważ IP3 jest cząsteczką nierozpuszczalną w wodzie, pozostaje on związany z błoną i bierze udział w aktywacji kinazy białkowej C

f. Aktywna izoforma β enzymu fosfolipazy C katalizuje reakcję rozszczepienia PIP2 do trifosforanu fosfatydyloinozytolu oraz diacyloglicerolu (DAG).

g. Uwolnione jony wapnia powodują wygaszenie sygnału zapoczątkowanego przez hormon

h. Zarówno IP3 jak i DAG działają krótko, ponieważ ulegają przekształceniu w inne cząsteczki w wyniku fosforylacji lub innych reakcji.

a. Ponieważ DAG jest cząsteczką rozpuszczalną w wodzie, dyfunduje on z błony powodując uwolnienie jonów wapnia z retikulum endoplazmatycznego

c. Powstające przekaźniki drugiego rzędu działają przeciwstawnie, dzięki czemu możliwa jest precyzyjna kontrola danego szlaku sygnalizacyjnego.

i. Podczas aktywacji receptora II angiotensyny biorącego udział w kaskadzie fosfatydyloinozytolu dochodzi do jego homodimeryzacji i fosforylacji.

e. Hydroliza GTP do GDP w białku Gαq powoduje wygaszenie sygnału zapoczątkowanego przez hormon.

Pytanie 7

7 Połącz dane z lewej kolumny z funkcjami po prawej stronie:

wygaszacz sygnału

przywraca przekaźniki sygnału do stanu początkowego

receptory błonowe

przenosi sygnał z środowiska w poprzek błony w komórce

fosforylacja białek

działa przez kowalencyjną modyfikację

a. przekaźnik drugiego rzędu

uwalnia informację z receptora błonowego

Pytanie 8

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących insulinowego szlaku sygnalizacyjnego są poprawne?

d. Przyłączenie cząsteczki insuliny do receptora wywołuje zmianę położenie pętli aktywacyjnej w podjednostce β, co prowadzi do aktywacji kinazy.

f. Przyłączenie insuliny do receptora powoduje zmianę konformacyjną, co prowadzi do oddysocjowania białek IRS, które utrzymują receptor w stanie nieaktywnym

c. Kinaza insulinowego receptora katalizuje reakcję przeniesienia grupy fosforanowej na grupę hydroksylową treoniny

b. Każda podjednostka α składa się z domeny kinazy białkowej homologicznej do PKA.

a. Każda podjednostka β składa się głównie z domeny kinazy białkowej homologicznej do PKA

e. Przyłączenie dwóch cząsteczek insuliny do receptora wywołuję zmianę konformacyjną prowadzącą do fosforylacji reszt tyrozylowych w pętli aktywacyjnej kinazy.

Pytanie 9

Które z poniższych stwierdzeń na temat transportera ABC z Vibrio cholerae są poprawne?

c. Jest transporterem drugiego rzędu, wykorzystującym gradient małych cząsteczek organicznych.

d. Wykorzystuje mechanizm sprzęgania hydrolizy ATP ze zmianami konformacyjnymi podjednostki P

a. Związanie substratu indukuje zmiany konformacyjne kaset wiążących ATP, prowadzące do wzrostu ich powinowactwa do ATP.

b. Jest dimerem złożonym z dwóch podjednostek, z których każda posiada domenę transbłonową i kasetę wiążącą ATP

e. Białko to działa jako ATP-zależna pompa pobierająca określone cząsteczki z otoczenia do wnętrza komórki

f. Transporter ten jest homologiczny do eukariotycznego białka glikoproteiny P.

Pytanie 10

3 Które z poniższych stwierdzeń dotyczące sygnalizacji EGF są poprawne?

d. Receptor Her2 może tworzyć heterodimery z receptorem EGF prowadząc do wzajemnej fosforylacji nawet pod nieobecność liganda.

b. Sygnał jest wyłączany na drodze defosforylacji kluczowych reszt tyrozylowych receptora oraz przez aktywność GTPazową białek Ras.

c. EGF jest polisacharydem o masie 6kDa stymulującym wzrost komórek naskórka i nabłonka

a. Aktywny receptor EGF będący dimerem aktywuje podjednostkę Gα swoistego białka G

e. Dimeryzacji receptora towarzyszy przemieszczenie ramienia dimeryzacyjnego do centrum aktywnego sąsiedniego monomeru, co umożliwia fosforylację pięciu reszt tyrozylowych

Pytanie 11

2 Które z poniższych stwierdzeń o białkach G i ich funkcjonowaniu są prawdziwe?

g. Kiedy białko G-GDP wiąże kompleks hormon-receptor, GDP jest wymieniane na GTP.

b. Ze związanym GDP i w obecności hormonu, białka G wiążą się do receptorów hormonów i następuje wtedy wiązanie GTP.

a. Ze związanym GDP i w nieobecności hormonu, białka G wiążą się do receptorów hormonów i następuje wtedy wiązanie GTP

c. Białka G są integralnymi białkami błonowymi

j. Białka G są heterotrimerami.

Bialka G są heterodimerami

i. Białka G wiążą cyklazę adenylanową.

h. Kiedy białko G-GTP wiąże kompleks hormon-receptor, GTP jest wymieniane na GDP.

e. Podjednostka α białek G jest GTPazą.

d. Białka G wiążą hormony.

Pytanie 12

1 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących budowy białek pośredniczących w kaskadach przekazywania sygnałów są prawdziwe?

b. Domeny SH3 rozpoznają ufosforylowane reszty seryny, a domeny SH2 ufosforylowane reszty tyrozyny.

e. Domeny SH3 rozpoznają regiony bogate w proliny.

d. Domeny PH wiążą fosfatydyloinozytol zakotwiczając białka IRS w błonie.

f. Domeny SH2 posiadają aktywność kinazową fosforylując reszty tyrozylowe.

. Domeny SH2 białek IRS zawierają reszty tyrozylowe, które ulegają fosforylacji przez zaktywowany receptor insulinowy.

c. Domeny SH2 rozpoznają ufosforylowane reszty tyrozylowe.

Pytanie 13

10 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kinaz białkowych są prawdziwe?

b. Jeśli dana kinaza białkowa fosforyluje reszty serylowe w docelowych białkach, to zwykle jest zdolna także do fosforylacji reszt treonylowych.

c. Kinazy białkowe fosforylują białka lub ich fragmenty zlokalizowane we wnętrzu komórki, jak i poza nią

f. Jeśli dana kinaza białkowa fosforyluje reszty tyrozylowe w docelowych białkach, to zwykle jest zdolna także do fosforylacji reszt fenyloalanylowych.

a. Jeśli dana kinaza białkowa fosforyluje reszty serylowe w docelowych białkach, to zwykle jest zdolna także do fosforylacji reszt tyrozylowych

e. Do sygnałów aktywujących niektóre kinazy białkowe należy m.in. diacyloglicerol.

d. Do sygnałów aktywujących niektóre kinazy białkowe należy m.in. cykliczny AMP.

Pytanie 14

9 Na poniższym rysunku przedstawiono schematycznie system transportu czterech substancji chemicznych: X, Y, Z oraz S, który realizowany jest przez trzy białka, oznaczone literami A, B i C, zlokalizowane w błonie komórkowej. Które z poniższych stwierdzeń na temat tego systemu transportu i jego elementów są prawdziwe?

g. Białko B jest symporterem substancji Y względem substancji Z.

c. Białko A jest kanałem jonowym utrzymującym gradient stężenia substancji X oraz Y w poprzek błony komórkowej.

d. Substancja Z może być transportowana do wnętrza komórki aktywnie z wykorzystaniem gradientu stężenia substancji Y, utworzonego przez pompę A.

f. Ponieważ białko B nie jest ATPazą nie może przeprowadzać aktywnego importu substancji Z do komórki.

e. Białko B jest antyporterem substancji Y względem substancji Z.

a. Jeśli transportowanymi w tym układzie substancjami X,Y,Z oraz S są odpowiednio K+, Na+, glukoza oraz Ca2+, to aktywność białka C nie ma wpływu na import glukozy (Z) do komórki

b. Jeśli transportowanymi w tym układzie substancjami X, Y, Z oraz S są odpowiednio: K+, Na+, glukoza oraz Ca2+, to aktywność białka C ma wpływ na import glukozy (Z) do komórki.

Pytanie 15

Które z następujących stwierdzeń na temat aktywnego transportu jonów Na+, K+ oraz Ca2+ są prawdziwe?

e. Pompa Na+-K+ generuje bezpośrednio różnicę potencjału chemicznego jonów Na+ i K+ w poprzek błony, ale ponieważ transportuje jony o identycznym znaku w przeciwnych kierunkach, nie wpływa na wartość potencjału elektrycznego błony

c. Zarówno pompa Na+-K+, jak i pompa Ca2+, należą do ATPaz typu P

b. Wymiennik sodowo-wapniowy wykazuje znacznie wyższe powinowactwo do jonów Ca2+ niż ATPaza Ca2+ jednak jego zdolność do usuwania jonów wapnia z cytoplazmy jest znacznie mniejsza.

d. Pompa Na+-K+ przyjmuje cztery stany konformacyjne, z których jeden jest ufosforylowane na reszcie aspartylowej

a. Pompa Ca2+ jest zdolna do utrzymania nawet tysiąckrotnie niższego stężenia jonów Ca2+ w cytozolu komórki mięśniowej niż w retikulum sarkoplazmatycznym.

Pytanie 16

Błonowy potencjał równowagowy dla jonów K+ można zdefiniować jako wartość napięcia, które ustali się w poprzek błony wtedy, gdy strumień jonów K+ wpływających do komórki będzie równy strumieniowi jonów K+ wypływających z komórki. Wiadomo, że wartość potencjału równowagowego dla jonów potasowych w przypadku pewnego neuronu wynosi - 85 mV w temperaturze 37°C. R = 8.31 J•K-1•mol-1, F = 96.5 kJ•V-1•mol-1.

b. W podanych warunkach stężenie jonów K+ wewnątrz komórki jest około 24,2 razy wyższe od tego, które występuje w stanie równowagi na zewnątrz komórki

W podanych warunkach stosunek stężenia jonów K+ wewnątrz komórki do stężenia jonów K+ na zewnętrz komórki w stanie równowagi wynosi około 0,041. d. W podanych warunkach stężenie jonów K+ wewnątrz komórki jest około 24,2 razy niższe od tego, które występuje w stanie równowagi na zewnątrz komórki.

W podanych warunkach w stanie równowagi stężenie jonów K+ wewnątrz komórki i na zewnętrz jest takie samo.

Pytanie 17

6. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kanałów i pomp błonowych są prawdziwe?

W układach biologicznych kanały błonowe występują w postaci otwartej i są zamykane jedynie na krótką chwilę.

h. Kanały błonowe są odpowiedzialne za wytworzenie w komórce gradientu stężeń jonów, wykorzystywanego później m. in. przez przenośniki drugiego rzędu.

Kanały błonowe bramkowane ligandem umożliwiają transport jonów wbrew gradientowi ich stężeń

f. Pomimo, że pompy transportują jony w sposób aktywny, robią to znacznie wolniej niż kanały transportujące te same jony w sposób bierny.

g. Dana pompa błonowa może przenosić ten sam jon w obie strony w zależności od występującego w komórce gradientu jonów.

j. Kanały umożliwiają transport jonów na zasadzie dyfuzji ułatwionej.

Zadaniem fizjologicznym pomp błonowych jest wyrównywanie stężeń określonej substancji na zewnątrz i wewnątrz komórki

i. Pompy jonowe są integralnymi białkami błonowymi.

Szybkość transportu jonów przez pompy jest znacznie większa niż transportu tych samych jonów przez kanały błonowe, ponieważ pompy zużywają w tym celu energię, a kanały przeprowadzają transport w sposób bierny.

b. Pompy jonowe zawierają w swojej strukturze fragment transbłonowy.

Pytanie 18

13.5 Które z poniższych stwierdzeń opisujących kanał potasowy są poprawne:

e. W pierwszym odcinku kanału potasowego dochodzi do hydratacji jonu, aby ten mógł swobodnie przemieścić się do filtru selektywności.

d. Kanał potasowy z Streptomyces.lividans ma kształt stożka, otwór po węższej stronie zwany filtrem selektywności powoduje, że tylko jony potasowe mogą swobodnie wnikać do wnętrza kanału, natomiast szeroki otwór po stronie docelowej umożliwia szybką dyfuzję jonów do cytoplazmy

a. Kanał K+ umożliwia transport jonów sodowych tylko w obecności ATP, gdyż wydatek energii swobodnej niezbędny do dehydratacji jonu sodowego jest znaczny

c. Kanał pokrywa większość kosztów odwodnienia K+, ponieważ umożliwia kompensujące odziaływania z grupami aminowymi wyściełającymi filtr selektywności.

b. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawidłowe.

Pytanie 19

4 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kanałów błonowych są prawdziwe?

i. Połączenia szczelinowe są kanałami błonowymi o względnie dużej przepuszczalności dla jonów, niewielkich metabolitów i większości białek

b. Kanały bramkowane potencjałem stają się przepuszczalne dla odpowiednich jonów dopiero po przekroczeniu odpowiedniej wartości potencjału transbłonowego.

c. Selektywność kanału bramkowanego ligandem zmienia się w zależności od tego, czy jest on związany ze swoim ligandem, czy nie.

f. Białkowe kanały błonowe są zbudowane zwykle z wielu podjednostek, a średnica poru wzrasta wraz z ilością tych podjednostek.

d. Niektóre kanały błonowe wykazują selektywność wobec poszczególnych jonów.

g. Kanały błonowe wykorzystując źródła energii swobodnej takie jak ATP prowadzą transport jonów lub cząsteczek w kierunku termodynamicznie niekorzystnym

Kanał receptora acetylocholinowego jest typowym przykładem kanału bramkowanego potencjałem.

a. Odpowiednio długie otwarcie kanału błonowego prowadziłoby do wyrównania stężeń po obu stronach błony, jednak w warunkach fizjologicznych otwarcie kanału jest zwykle krótkotrwałe.

h. Połączenia szczelinowe są kanałami błonowymi o względnie dużej przepuszczalności dla jonów i niewielkich metabolitów.

j. Białkowe kanały błonowe wykazują właściwości allosteryczne.

Pytanie 20

13.3 Stężenie jonów Na+ na zewnątrz i w środku komórki wynosi odpowiednio: 143 i 14,0 mM, a stężenie jonów K+ odpowiednio: 4,0 i 157 mM. Potencjał transbłonowy układu w temperaturze 37°C wynosi - 50 mV. R = 8.31 J•K-1•mol-1, F = 96.5 kJ•V-1•mol-1.

c. W podanych warunkach zmiana entalpii swobodnej transportu jonu Na+ na zewnątrz komórki wynosi około +10.8 kJ•mol-1, a transportu jonu Na+ do środka komórki około -10.8 kJ•mol-1.

e. Równoczesny transport jonów Na+ na zewnątrz komórki oraz jonów K+ do środka komórki w tych warunkach może przeprowadzać wyłącznie pompa Na+-K+ hydrolizująca ATP.

d. Gdyby potencjał transbłonowy był równy zeru, transport jonów K+ do wnętrza komórki wymagałby mniejszego nakładu energetycznego, niż przy potencjale wynoszącym - 50 mV.

a. Wymieniony w tym zadaniu potencjał transbłonowy mógłby być wytwarzany przez kanał błonowy jonów Na+ oraz niezależny kanał błonowy jonów K+.

b. W podanych warunkach zmiana entalpii swobodnej transportu jonu K+ na zewnątrz komórki wynosi około -4,6 kJ•mol-1, a transportu jonu K+ do środka komórki około +4,6 kJ•mol-1.

Pytanie 21

13.1 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kanałów błonowych biorących udział w przekazywaniu impulsu nerwowego są prawdziwe?

Przepuszczalność kanału receptora acetylocholinowego jest praktycznie taka sama dla jonów K+ i jonów Na+.

d. Odpowiedni wzrost potencjału błonowego powoduje równoczesne otwarcie kanału sodowego i potasowego

Kanały sodowe i potasowe są przepuszczalne dla jonów Na+ i K+ odpowiednio do momentu, w którym potencjał błonowy osiąga wartość potencjału spoczynkowego.

b. Receptor acetylocholinowy zlokalizowany jest w błonie postsynaptycznej.

Przepuszczalność kanału receptora acetylocholinowego jest większa dla jonów K+ , niż dla jonów Na+

Kanał receptora acetylocholinowego jest typowym przykładem kanału bramkowanego potencjałem

e. Ze względu na podobny charakter jonów Na+ i K+, kanał potasowy wykazuje podobną przepuszczalność dla obu tych jonów.

c. Odpowiedni wzrost potencjału błonowego powoduje otwarcie najpierw kanału potasowego, a następnie sodowego

a. Receptor acetylocholinowy zlokalizowany jest w błonie presynaptycznej

Pytanie 22

12.4 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących białek błonowych są prawdziwe?

h. Aspiryna blokuje aktywność kanału potasowego

l. Integralne białka błonowe zawsze przechodzą przez całą szerokość dwuwarstwy lipidowej.

Białka błonowe mają ściśle określoną orientację ponieważ są dostarczane od strony zewnętrznej komórki.

Białka mogą być związane z błoną poprzez powierzchnie utworzone przez hydrofobowe reszty boczne aminokwasów lub poprzez kowalencyjnie związane z białkami grupy hydrofobowe.

a. Niemożliwe jest przewidzenie obecności helis transbłonowych w białku tylko na podstawie jego sekwencji aminokwasowej.

Aspiryna blokuje aktywność syntazy-1 prostaglandyny H2 poprzez zablokowanie kanału hydrofobowego umożliwiającego dotarcie kwasu arachidonowego do miejsca aktywnego enzymu.

Białka błonowe mają ściśle określoną orientację ponieważ są dostarczane od strony cytozolowej komórki.

k. Do oddzielenia białka integralnego od błony konieczne jest użycie detergentu.

i. Białka transbłonowe przechodzą przez całą szerokość dwuwarstwy lipidowej.

j. Rodopsyna bakteryjna jest białkiem peryferyjnym

Obecność helis transbłonowych w białku można przewidzieć na podstawie jego sekwencji aminokwasowej.

m. Ultrawirowanie pozwala oddzielić białka integralne od błony

Pytanie 23

2 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących lipidów błon biologicznych są prawdziwe?

b. Glikolipidy są sfingolipidami i zawierają fragmenty cukrowe.

a. Zarówno gangliozydy, jak i cerebrozydy są sfingolipidami.

f. Fosfatyd to najprostsza sfingomielina

c. Fosfoglicerydy są fosfolipidami błonowymi zbudowanymi na bazie kwasu fosforanowego

e. Podobnie jak sfingomieliny, glikolipidy zawierają w swej budowie resztę kwasu fosforanowego

d. Fosfoglicerydy są fosfolipidami błonowymi zbudowanymi na bazie kwasu fosfatydowego.

Pytanie 24

1 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących błon biologicznych są prawdziwe?

i. Mogą być traktowane jak dwuwymiarowy roztwór zorientowanych przestrzennie lipidów i białek.

n. Obecność cholesterolu powoduje zmniejszenie płynności błony.

d. Skład lipidowy zewnętrznej oraz wewnętrznej warstwy lipidowej jest identyczny, ale dyfuzja poprzeczna lipidów z jednej warstwy do drugiej jest utrudniona termodynamicznie.

Zawierają specyficzne białka, które pośredniczą w charakterystycznych funkcjach błon.

Błony biologiczne są warstwowymi strukturami zbudowanymi głównie z lipidów i białek.

Są strukturami symetrycznymi, co wynika z symetrycznej natury dwuwarstwy lipidowej.

c. Obecność cholesterolu powoduje zwiększenie płynności błony.

e. Błony są funkcjonalnie symetryczne.

m. Błony są funkcjonalnie asymetryczne, podczas gdy strukturalnie symetryczne.

Obecność nienasyconych kwasów tłuszczowych z wiązaniami podwójnymi w konfiguracji cis w lipidach błonowych obniża tzw. temperaturę przejścia („topnienia”) błony.

Dla większości błon zawartości białek w błonach stanowi ok.25% w stosunku do lipidów.

Skład lipidowy zewnętrznej oraz wewnętrznej warstwy lipidowej jest zawsze identyczny.

l. Model płynnej mozaiki dotyczy błon zbudowanych z jednej warstwy lipidów.

f. Zawierają węglowodany, które kowalencyjnie są związane do białek i lipidów.

g. Są dużymi strukturami warstwowymi, ściśle odgraniczającymi różne przedziały.

Pytanie 25

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących kaskady krzepnięcia krwi są prawdziwe?

d. Antytrombina III hamuje trombinę i niektóre z pozostałych czynników kaskady krzepnięcia krwi.

i. Aktywacja protrombiny do trombiny wymaga obecności reszt γ-karboksyglutamylowych w protrombinie.

f. Skrzepy fibrynowe są usuwane przez plazminę, która powstaje z plazminogenu pod wpływem działania trombiny.

c. Do syntezy funkcjonalnej protrombiny wymagana jest obecność witaminy K lub dikumarolu.

g. Białko C jest aktywowaną przez trombinę proteazą, która degraduje czynniki krzepliwości Va i VIIIa.

j. Heparyna ma działanie antagonistyczne (przeciwne) do antytrombiny III

e. Skrzepy fibrynowe są hydrolizowane przez aktywność enzymatyczną TPA.

k. Aktywne czynniki kaskady krzepnięcia krwi działają krótko, m.in. dlatego, że mogą być zatrzymywane w wątrobie oraz rozkładane przez proteazy.

Aktywne czynniki kaskady krzepnięcia krwi działają krótko, m.in. dlatego, że mogą być zatrzymywane w wątrobie oraz degradowane proteolitycznie przez serpiny. (mogą być usuwane przez wątrobę)

b. Do syntezy funkcjonalnej protrombiny wymagana jest obecność witaminy K.

h. Aktywacja protrombiny do trombiny wymaga dekarboksylacji reszt γ-karboksyglutamylowych.

Pytanie 26

9 Aktywacja zymogenów trzustkowych rozpoczyna się od:

Przekształcenia trypsynogenu w trypsynę przez enteropeptydazę w dwunastnicy.

i. Autoproteolizy pepsynogenu do pepsyny w żołądku.

f. Przekształcenia chymotrypsynogenu w chymotrypsynę przez trypsynę w dwunastnicy

h. Autoproteolizy trypsynogenu do trypsyny w dwunastnicy

a. Przekształcenia trypsynogenu w trypsynę przez pepsynę w żołądku.

b. Przekształcenia trypsynogenu w trypsynę przez enteropeptydazę w żołądku

g. Autoproteolizy chymotrypsynogenu do trypsynogenu w dwunastnicy.

e. Przekształcenia prokarboksypeptydazy w karboksypeptydazę przez trypsynę w dwunastnicy.

d. Przekształcenia chymotryspynogenu w chymotrypsynę przez papainę w żołądku.

Pytanie 27

8 Które zdania dotyczące proteaz serynowych: trypsyny, chymotrypsyny i elastazy są prawdziwe?

a. Pochodzą od wspólnego pragenu.

f. Są syntetyzowane jako nieaktywny zymogen.

c. Katalizują tą samą reakcję: cięcia wiązania peptydowego.

d. Katalizują reakcje, które przebiegają przez kowalencyjny związek pośredni.

e. Wykazują różnice strukturalnie w centrach aktywnych.

b. Wykazują podobieństwa w sekwencji aminokwasowej i strukturze trójwymiarowej.

Pytanie 28

7 Które z poniższych stwierdzeń na temat chymotrypsynogenu (ChTg) oraz procesu jego aktywacji są prawdziwe?

b. Kluczowym zjawiskiem dla nabycia aktywności katalitycznej przez ChTg jest proteolityczne utworzenie nowego końca aminowego, który przemieszcza się do wnętrza białka i tworzy dodatkowe wiązanie jonowe z obecną tam ujemnie naładowaną grupą karboksylową.

Pierwsza aktywna forma chymotrypsyny powstaje z ChTg po rozcięciu dwóch wiązań peptydowych

d. ChTg jest pojedynczym łańcuchem polipeptydowym.

a. Stabilną formą aktywnego enzymu jest tzw. chymotrypsyna π

c. ChTg jest nieaktywny, ponieważ ani triada katalityczna, ani wnęka wiążąca substrat, nie są w nim zupełnie ukształtowane

ChTg posiada szczątkową aktywność katalityczną, która jest istotna w procesie jego aktywacji.

Pytanie 29

c. cAMP wiąże się do dimeru R2 podjednostek regulatorowych PKA, co prowadzi do oddysocjowania podjednostek katalitycznych.

g. Podjednostki regulatorowe zawierają specjalną sekwencję nazywaną pseudosubstratową, która jest zbliżona do optymalnej sekwencji substratowej, lecz pozbawiona reszty akceptującej fosforan.

f. PKA i większość innych kinaz występują w postaci izoenzymów, co umożliwia precyzyjne dostosowanie regulacji do typu komórki, czy stadium rozwojowego.

W komórkach eukariotycznych większość efektów zależnych od cyklicznego adenozynomonofosforanu (cAMP) jest skutkiem aktywacji PKA.

e. cAMP aktywuje PKA zmieniając jej strukturę czwartorzędową.

f. cAMP aktywuje PKA zmieniając jej strukturę pierwszorzędową

e. cAMP wiąże się do podjednostek katalitycznych PKA, co prowadzi do allosterycznej aktywacji tego enzymu.

. cAMP wiąże się do podjednostki katalitycznej PKA, co prowadzi do jej oddysocjowania od podjednostki regulatorowej.

h. Podjednostki katalityczne zawierają specjalną sekwencję nazywaną pseudosubstratową która jest zbliżona do optymalnej sekwencji substratowej, lecz pozbawiona reszty akceptującej fosforan.

cAMP wiąże się do dimeru R2 podjednostek regulatorowych PKA, co prowadzi do fosforylacji tzw. sekwencji pseudosubstratowej i w efekcie aktywuje PKA.

Pytanie 30

5 Które stwierdzenia o cAMP są prawdziwe?

c. cAMP wiąże się z regulatorową podjednostką PKA i aktywuje enzym przez uwolnienie katalitycznych podjednostek

a. Większość efektów cAMP w komórkach eukariotycznych jest używanych do aktywacji kinaz białkowych A.

d. coś, że cAMP jest wiązane do aktywnego hormonu

b. cAMP wiąże się z katalityczną podjednostką PKA i aktywuje enzym allosteryczny.

Pytanie 31

4 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących fosforylacji białek są prawdziwe?

Fosfatazy białkowe są fosfotransferazami ponieważ usuwają grupy fosforanowe ze zmodyfikowanych białek

b. Wprowadzenie silnie naładowanej grupy fosforanowej do enzymu może znacznie zmienić jego właściwości, a w tym np. jego powinowactwo do substratu.

Reakcja defosforylacji białka jest odwróceniem reakcji fosforylacji, dlatego jest niekorzystna termodynamicznie.

j. Fosforylacja białek indukuje zmiany konformacyjne.

Donorem grupy fosforanowej w reakcji fosforylacji białka może być ATP, ale nie ADP ani AMP.

Tzw. kinazy białkowe, to białkowe enzymy fosforylujące zarówno związki niskocząsteczkowe, jak i makrocząsteczki.

Podczas fosforylacji dochodzi do transferu najbardziej zewnętrznej reszty fosforanowej z odpowiedniego nukleotydu na substrat pełniący rolę akceptora.

Zarówno reakcja fosforylacji, jak i reakcja defosforylacji białka są korzystne termodynamicznie.

Donorem grupy fosforanowej w reakcji fosforylacji białka może być albo ATP albo ADP, ale nie AMP, ponieważ AMP nie zawiera wysokoenergetycznego wiązania.

a. Reakcje fosforylacji białek są katalizowane przez tzw. kinazy białkowe.

Pytanie 32

3 Zaznacz poprawną odpowiedź na temat strategii regulacji enzymów:

a. Cytydynotrifosforan (CTP) hamuje ACTazę.

b. p-Hydroksyrtęciobenzen oddziałuje z kluczowymi resztami seryny w ACTazie.

c. W oddziaływaniach allosterycznych w ACTazie pośredniczą duże zmiany w strukturze czwartorzędowej.

d. cykliczny AMP aktywuje kinazę białkową A zmieniając jej strukturę czwartorzędową

Pytanie 33

18 Jakie enzymy należą do jakich grup enzymów (proteazy serynowe, czy cysteinowe, czy anhydrazy itp.), i jakie posiadają cechy charakterystyczne (np. jaką resztę aminokwasową mają w centrum aktywnym, czy występują u ludzi czy nie, czy występują w żołądku czy nie, jakiego jonu wymagają do prawidłowego działania (Mg2+, czy Mn2+, czy jakiegoś innego)), Uporządkować wszystko w tabelce.

trypsyna

- serylowa, w trzustce

chymotrypsyna –

zawiera resztę Ser, synteza w trzustce

papaina –

proteza cysteinowa ,wyizolowana z owocu papai

pepsyna-

enzym trawienny, aspartylowa, w żołądku

Pytanie 34

16 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących wybranych proteaz są prawdziwe?

b. Katepsyny są ssaczymi proteazami homologicznymi względem papainy.

d. Przykładami proteaz aspartylowych są pepsyna i proteaza wirusa HIV.

c. Karboksypeptydaza A jest metaloproteazą zależną od jonów Mg2+

a. Papaina jest proteazą, w której kluczową rolę odgrywa reszta cysteilowa.

Termolizyna wykorzystuje jon Zn2+ do zwiększenia nukleofilowego charakteru aktywnej katalitycznie reszty Glu.

Kaspazy są metaloproteazami.

Pytanie 35

15 Jaki element ważnego układu enzymatycznego przedstawia rysunek?

a. Mechanizm ułatwiający wymianę protonu w anhydrazie węglanowej między aktywną cząsteczką wody lub jonem hydroksylowym w kompleksie z jonem Zn2+ a akceptorem (B) lub, odpowiednio, donorem (BH+) protonu, zachodzą z udziałem pośredniczącej w tym procesie reszty histydylowej.

d. Mechanizm generowania silnego nukleofila (jon OH–) podczas reakcji katalizowanej przez metaloproteazy.

c. Mechanizm stabilizacji powstającego przejściowo jonu hydroksylowego przez naładowaną dodatnio resztę boczną histydyny w chymotrypsynie.

e. Aktywację cząsteczki wody w centrum aktywnym endonukleazy restrykcyjnej przez aktywną resztę koenzymu zawierającego pierścień imidazolowy.

b. Układ katalityczny, składający się z aktywnej cząsteczki wody, jonu Zn2+ oraz reszty histydylowej, stanowiący klasyczny sposób generowania silnego nukleofilu (BH+) przez metaloproteazy.

Pytanie 36

14 Które z poniższych białek syntetyzowane są w postaci nieaktywnej i podlegają aktywacji na drodze proteolitycznej?

d. Chymotrypsyna

b. Lipaza trzustkowa

e. Czynnik X krzepliwości krwi

g. Warfaryna

a. Enteropeptydaza

c. Kolagen

Pytanie 37

13 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów proteolitycznych są prawdziwe?

c. Dziura oksyanionowa stabilizuje tetraedryczny stan przejściowy powstający w … chymotrypsynę

a. W przeciwieństwie do proteaz serynowych i cysteinowych metaloproteazy i proteazy aspartylowe mają w centrum aktywnym cząsteczkę wody pełniącą rolę nukleofila.

d. W metaloproteazach jon cynku stabilizuje ujemnie naładowane reszty boczne aminokwasów … proteolizie.

e. Trypsyna, chymotrypsyna oraz papaina należą do grupy proteaz serynowych.

b. Proteazy serynowe ulegają przejściowej modyfikacji kowalencyjnej podczas katalitycznej reakcji.

Pytanie 38

12 Które z podanych reakcji mogą być katalizowane przez kinazy NMP?

a. AMP+ ATP 2ADP

d. CDP+ ATP CTP + ADP

b. AMP+ GTP ADP + GDP

c. GMP+ ADP GDP + AMP

e. ATP + H2O ADP + P

Pytanie 39

11 Które z poniższych stwierdzeń na temat kinaz NMP są prawdziwe?

e. Zawierają w swej strukturze silnie konserwatywną domenę wiążącą nukleotydy.

f. W regionie wiążącym substrat występuje tzw. Pętla P, której nazwa pochodzi od wysokiej zawartości reszt proliny

b. Do tej grupy enzymów należą np. kinaza adenylanowa i guanylanowa.

c. Zmiany konformacyjne, którymi podlega m.in. domena wiążąca nukleotydy i pętla P są podstawą wykluczenia transferu reszty fosforanowej na cząsteczkę wody.

d. Związanie dowolnego z dwóch substratów powoduje w enzymie szereg zmian konformacyjnych o charakterze indukowanego dopasowania i powstanie katalitycznie komplementarnej konformacji enzymu

a. Enzymy te zawierają w swym miejscu aktywnym istotny katalitycznie jon metalu dwuwartościowego (Mg2+ lub Mo2+)

Pytanie 40

Które z poniższych stwierdzeń dotyczących enzymów wykorzystujących jedną z reszt aminokwasowych jako silny nukleofil do hydrolizy wiązania peptydowego są prawdziwe?

c. Mimo, iż karboksypeptydaza II z ziaren pszenicy wykorzystuje triadę katalityczną złożoną z takich samych reszt co chymotrypsyna, enzymy te nie wykazują ogólnego podobieństwa strukturalnego.

b. Jedną z istotnych strategii generowania silnego nukleofilu jest tzw. triada katalityczna.

a. W przypadku niektórych proteaz w powstawaniu silnie reaktywnego nukleofilu zamiast histydyny uczestniczy bezpośrednio pierwszorzędowa grupa aminowa pochodząca z reszty lizylowej lub z aminowego końca enzymu.

d. Podobną do chymotrypsyny strategię triady katalitycznej wykorzystują proteazy uczestniczące w kaskadzie krzepnięcia krwi.

e. Rolę kluczowego nukleofilu w niektórych proteazach pełni reszta treonylowa.

f. Chymotrypsyna, trypsyna i elastaza są białkami homologicznymi, ale wykazują odmienną specyficzność substratową z powodu różnic w budowie kieszeni S1 wiążącej substrat.

Pytanie 41

9 Na schemacie przedstawiono wyniki mutagenezy ukierunkowanej pewnej proteazy serynowej. Zaznaczone reszty tworzące triadę katalityczną zastępowano alaniną i mierzono aktywność zmutowanego punktowo enzymu (zielone słupki) wyznaczając wartość log10(kkat). Podobnie zbadano enzym zawierający alaninę we wszystkich trzech pozycjach triady (niebieski słupek). Dla porównania na schemacie przedstawiono wynik pomiaru aktywności dla enzymu niezmutowanego (czerwony słupek) oraz szybkość reakcji niekatalizowanej (czarny słupek). Które z poniższych stwierdzeń dotyczących roli poszczególnych reszt w katalizie uważasz za najbardziej prawdopodobne na podstawie danych uzyskanych w tym eksperymencie? Załóż, że każda z wprowadzonych mutacji zmienia wyłącznie strukturę pierwszorzędową enzymu

d. Mutacja reszty aspartylowej na alaninę praktycznie uniemożliwia atak reszty serylowej na wiązanie peptydowe substratu

c. Mutacja reszty histydylowej na alaninę praktycznie uniemożliwia atak reszty serylowej na wiązanie peptydowe substratu.

e. Najprawdopodobniej w centrum aktywnym tego enzymu w pobliżu reszty Ser występuje inna reszta, która może pełnić rolę nukleofila wspomaganego pozostałymi resztami triady katalitycznej.

b. Najprawdopodobniej mutant podwójny, w którym reszty His i Ser zostałyby zamienione na Ala wykazywałby aktywność na poziomie kkat = 10–4 [s–1].

f. Pewien wkład w katalizę mają także inne mechanizmy niż te związane bezpośrednio z triadą katalityczną.

a. Najprawdopodobniej mutant podwójny, w którym reszty His i Asp zostałyby zamienione na Ala wykazywałby aktywność na poziomie kkat = 10–4 [s–1].

Pytanie 42

8 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących katalizy enzymatycznej są prawdziwe?

c. Podczas katalizy enzymatycznej jon metalu pełni najczęściej rolę nukleofila

b. Enzymy katalizują reakcje chemiczne poprzez preferencyjne wiązanie stanu przejściowego reakcji w porównaniu z jej substratami i produktami.

e. Istotny wkład w katalizę enzymatyczną ma przybliżanie oraz odpowiednie wzajemne orientowanie substratów reakcji wielosubstratowych.

a. Kataliza kowalencyjna to taka kataliza enzymatyczna, podczas której zachodzi zmiana układu wiązań kowalencyjnych w substratach reakcji, co prowadzi do powstania produktów.

f. Kataliza elektrostatyczna polega na ułatwieniu powstania lub stabilizacji stanu przejściowego za pomocą naładowanych grup enzymu lub za pomocą kofaktorów.

d. Podczas katalizy enzymatycznej zachodzącej z przeniesieniem protonu rolę donora lub akceptora protonu pełni zawsze cząsteczka wody.

Pytanie 43

7 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mechanizmu reakcji katalizowanej przez enzym restrykcyjny EcoRV są prawdziwe?

e. Prawdziwość udziału w tej reakcji nukleofila (Nu) można zweryfikować za pomocą analizy stereochemicznej produktów hydrolizy chiralnych, tiofosforanowych pochodnych DNA, które zamiast jednego atomu tlenu w wiązaniu fosfodiestrowym zawierają atom siarki.

c. EcoRV zawiera jon metalu, który uczestniczy w aktywacji nukleofila (Nu).

a. Reaktywnym nukleofilem (Nu), który tworzy kowalencyjny produkt pośredni z atomem fosforu substratu jest reszta tyrozylowa.

b. Kataliza zachodzi zgodnie z mechanizmem przedstawionym na rysunku.

d. Eksperymentalnie wykazano, że reakcja hydrolizy wiązania fosfodiestrowego zachodzi z odwróceniem konfiguracji stereochemicznej na atomie fosforu.

Pytanie 44

6 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących anhydraz węglanowych są prawdziwe?

d. Niektóre anhydrazy węglanowe mają bardzo wysoką liczbę obrotów rzędu 10^6.

a. Wszystkie znane anhydrazy węglanowe wykorzystują jon Zn2+ jako … (wszystkie ze Stryer’a)

c. Anhydrazy węglanowe są metaloenzymami, których ….

b. Anhydrazy dzielimy na dwie klasy w zależności od…

e. Jon metalu ludzkiej anhydrazy węglanowej z … histydylowe oraz w zależności od pH jedną cząsteczkę wody …

Pytanie 45

5 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mechanizmu reakcji katalizowanej przez ludzką anhydrazę węglanową II są prawdziwe?

c. Rola jonu cynku polega na zwiększeniu zasadowego charakteru aktywnej reszty aminokwasowej obecnej w centrum katalitycznym anhydrazy

i. Przez anhydrazę, następuje zmiana stopnia utlenienia atomu węgla w CO2 konieczny jest udział jonu Zn2+ który uczestniczy w przenoszeniu elektronu

a. Rola jonu cynku polega na podwyższeniu pKa wody z wartości … dla … do wartości … dla kompleksu [His3Zn2+]H2O

h. Kataliza wymaga aktywacji cząsteczki wody przez jon Zn2+.

e. Ponieważ podczas reakcji katalizowanej przez anhydrazę, następuje zmiana stopnia utlenienia atomu węgla w CO2 konieczny jest udział jonu Zn2+, który uczestniczy w przenoszeniu elektronu

f. Istotny wkład w szybkość reakcji katalizowanej przez anhydrazę węglanową wnosi mechanizm nazywany wahadłem protonowym, ułatwiający uwalnianie … do protonu oraz do cząsteczki wody w miejscu aktywnym.

d. Rola jonu cynku polega m.in. na zwiększeniu kwasowego charakteru aktywnej reszty aminokwasowej, obecnej w centrum katalitycznym enzymu.

b. Rola jonu cynku polega na obniżeniu pKa z wartości >15 dla samej wody do wartości rzędu 7 dla kompleksu [His3Zn2+]H2O.

g. Istotny wkład w szybkość reakcji katalizowanej przez anhydrazę węglanową wnosi mechanizm nazywany wahadłem protonowym, ułatwiający transfer protonu pomiędzy dwiema aktywnymi katalitycznie resztami aminokwasowymi.

Pytanie 46

4 Trzy kluczowe reszty aminokwasowe w miejscu aktywnym chymotrypsyny tworzą triadę katalityczną. Które z poniższych są funkcjami tych reszt w katalizie?

d. Tworzą tzw. dziurę oksyanionową.

c. Reszta asparaginianowa działa jako nukleofil podczas reakcji z substratem.

e. Reszta asparaginianowa inicjuje etap deacetylacji przez atak nukleofilowy na węgiel karbonylowy intermediatu acylowego.

b. Reszta serylowa działa jako elektrofil podczas reakcji z substratem.

f. Reszta histydylowa wspomaga reakcję działając jako katalizator kwasowo-zasadowy.

a. Reszta aspartylowa orientuje odpowiednio resztę histydylową w reakcji. (aspartylowa = asparaginianowa)

Pytanie 47

3 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących przedstawionego etapu reakcji katalizowanej przez chymotrypsynę są prawdziwe?

e. Kowalencyjny kompleks reszty 3 enzymu oraz reagenta 4 będący substratem tego etapu reakcji to acyloenzym.

a. Na rysunku przedstawiono powstawanie tetraedrycznego stanu przejściowego, o którym wiadomo, że jest stabilizowany przez tzw. dziurę oksyanionową.

d. Kowalencyjny kompleks reszty 3 enzymu oraz substratu 4 widoczny na rysunku to tzw. acyloenzym

c. Na rysunku przedstawiono pierwszy etap hydrolizy wiązania estrowego, który zachodzi dzięki zwiększeniu nukleofilowego charakteru cząsteczki wody przez resztę 2 enzymu.

b. Na rysunku przedstawiono etap reakcji w którym po raz pierwszy na drodze hydrolizy wiązania peptydowego tworzy się tetraedryczny stan przejściowy w kompleksie z enzymem.

g. Na tym etapie reakcji udział reszty 1 stanowi przykład specyficznej katalizy zasadowej.

f. Reszty oznaczone na rysunku cyframi od 1 do 3 stanowią triadę katalityczną enzymu.

j. Grupy łańcucha peptydowego substratu, które stanowią bezpośrednie otoczenie naładowanego ujemnie atomu tlenu reagenta oznaczonego cyfrą 4, tworzą tzw. dziurę oksyanionową.

h. Na tym etapie reakcji udział reszty 2 w katalizie polega na znaczącym obniżeniu pK reszty 3, dzięki czemu reszta 3 staje się silnym nukleofilem.

i. Na tym etapie reakcji udział reszty 2 w katalizie stanowi przykład uniwersalnej katalizy zasadowej.

k. Woda w tej reakcji jest katalizatorem kwasowo-zasadowym.

Pytanie 48

2. Które z poniższych stwierdzeń na temat aktywności katalitycznej chymotrypsyny w funkcji pH są prawdziwe?

d. Dla niewysycających stężeń substratu, krzywa zależności prędkości reakcji od pH ma kształt dzwonu z maksimum w okolicy pH 8.

e. Krzywa zależności wartości kkat enzymu od pH ma kształt dzwonu z maksimum w okolicy pH 8.

b. W warunkach pH wyższego niż 8, spada powinowactwo enzymu do substratu, a przez to spada stacjonarne stężenie kompleksu ES.

a. W warunkach pH wyższego lub równego 8, skuteczność katalityczna enzymu w przekształcaniu substratu w produkt jest maksymalna i pozostaje stała, ponieważ w zasadowym środowisku aktywna reszta serylowa spontanicznie ulega deprotonacji.

c. Krzywa zależności prędkości maksymalnej (Vmax) tej reakcji od pH ma kształt dzwonu z maksimum w okolicy pH 8.

Pytanie 49

1. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących mechanizmu katalitycznego chymotrypsyny są poprawne?

i. Reakcja hydrolizy rozpoczyna się od nukleofilowego ataku atomu tlenu grupy hydroksylowej reszty serylowej na atom azotu(dla węgla będzie ok) hydrolizowanego wiązania peptydowego.

f. Proces hydrolizy wiązania peptydowego katalizowany przez chymotrypsynę jest reakcją dwufazową, której faza I przebiega szybciej od fazy II.

b. Stanem przejściowym w reakcji katalizowanej przez chymotrypsynę jest acyloenzym.

l. Katalityczna reszta serynowa chymotrypsyny jest znacznie silniejszym nukleofilem niż wolna seryna, ponieważ w jej bezpośredniej bliskości w enzymie znajduje się reszta histydylowa, która drastycznie obniża wartość pK tej reszty serynowej.

k. Istotną rolę dziury oksyanionowej w funkcji katalitycznej chymotrypsyny potwierdzono poprzez mutacje reszt aminokwasów tworzących dziurę oksyanionową na reszty alanylowe, co prowadzi do znacznego obniżenia aktywności enzymu.

j. Reakcja hydrolizy rozpoczyna się od nukleofilowego ataku atomu tlenu grupy hydroksylowej reszty serynowej na atom węgla hydrolizowanego wiązania peptydowego.

m. Katalityczna reszta serylowa chymotrypsyny jest znacznie silniejszym nukleofilem niż wolna seryna, ponieważ w jej bezpośredniej bliskości w enzymie znajduje się reszta histydylowa, która stabilizuje uprotonowaną formę grupy hydroksylowej tej reszty serylowej.

d. Kluczowa reszta katalityczna (seryna) chymotrypsyny tworzy liczne oddziaływania niekowalencyjne z organicznymi fluorofosforanami takimi jak diizopropylofluorofosforan podczas ich wiązania przez enzym, co nieodwracalnie inaktywuje enzym.

h. Proces hydrolizy wiązania peptydowego katalizowany przez chymotrypsynę jest reakcją dwufazową, przy czym szybkość fazy I jest wyraźnie wyższa niż fazy II.

a. Związkiem pośrednim w reakcji katalizowanej przez chymotrypsynę jest acyloenzym.

g. Proces hydrolizy wiązania peptydowego katalizowany przez chymotrypsynę jest reakcją dwufazową, przy czym szybkość fazy II jest wyraźnie wyższa niż fazy I.

c. Kluczowa reszta katalityczna chymotrypsyny ulega modyfikacji w obecności organicznych fluorofosforanów, takich jak diizopropylofluorofosforan, co nieodwracalnie inaktywuje enzym.

e. Ładunek ujemny tetraedrycznego produktu pośredniego reakcji katalizowanej przez chymotrypsynę jest stabilizowany dzięki oddziaływaniom z grupami NH białka w miejscu nazywanym dziurą oksyanionową.

Pytanie 50

12. Które zdania dotyczące kinetyki enzymatycznej są prawdziwe:

f. enzymy allosteryczne działają zgodnie z kinetyka Michaelisa-Menten

c. inhibicję odwracalną charakteryzuje szybka dysocjacja kompleksu enzym-inhibitor

d. inhibitor kompetycyjny zmniejsza szybkość katalizy przez zmniejszenie liczby cząsteczek enzymu wiążącego substrat

e. inhibicje niekompetycyjna jest nieodwracalna

b. wobec inhibitora kompetycyjnego enzym może wiązać substrat

a. stała Michealisa odpowiada takiemu stężeniu substratu, przy którym reakcja osiąga połowę Vmax

Pytanie 51

11. Standardowa zmiana entalpii swobodnej w warunkach biochemicznych podczas reakcji hydrolizy fruktozo-1-fosforanu (F-1-P) z utworzeniem fruktozy (F) i ortofosforanu (P) wynosi –5.0 kcal/mol. Stężenia początkowe reagentów wynoszą 10–6, 10–2 i 10–1 M odpowiednio dla F-1-P, F oraz P. Temperatura T, w której zachodzi reakcja to 25 °C; R=2.0 cal/mol×K.

b. W obecności enzymu katalizującego tę reakcję, w warunkach zdefiniowanych jako początkowe reakcja przebiegać będzie w kierunku syntezy F-1-P.

e. ΔG°' dla tej reakcji wynosi około –0.9 kcal/mol.

d. W warunkach standardowych spontanicznie zachodzić będzie hydroliza F-1-P.

a. Stała równowagi wynosi około 1000 lub 4400 w zależności od tego czy obliczymy ją dla warunków początkowych, czy też dla warunków standardowych.

c. W warunkach zdefiniowanych jako początkowe reakcja przebiega w kierunku syntezy F-1-P.

Pytanie 52

9. Które z poniższych stwierdzeń na temat prędkości początkowej (Vo) oraz maksymalnej (Vmax) reakcji katalizowanej przez enzym zgodnie z modelem Michaelisa-Menten są prawdziwe?

e. Vo jest liniowo proporcjonalna do stężenia substratu [S] dla [S]>>KM.

c. Vmax jest liniowo proporcjonalna do stężenia substratu [S] dla każdego [S].

b. Vo praktycznie nie zależy od stężenia substratu [S] dla [S]>>KM.

f. Vmax jest to Vo osiągana w warunkach [S]>>KM.

a. Vo praktycznie nie zależy od stężenia substratu [S] dla [S]<

d. Vmax w ogóle nie zależy od stężenia substratu [S].

Pytanie 53

8. Które zdania są prawdziwe?

c. Model ten spełniony jest tylko w warunkach osiągniecia stanu równowagi dynamicznej

a. Powyższy zapis oznacza że enzym E łączy się z substratem S i powstaje kompleks ES, a szybkość tej reakcji w [mol/s] wynosi k1

b. Model ten spełniony jest tylko dla prędkości początkowych reakcji katalizowanej enzymatycznie, gdy reakcje powstawania produktu P z kompleksu ES jest nieodwracalna

d. Model ten zakłada że k1[E][S]= (k1+k2[ES]) nie uwzględnia stałej k

e. ten spełniony jest tylko wtedy, gdy możemy zaniedbać reakcje o stałej k1>>>>k2?

Pytanie 54

7. Które ze stwierdzeń na temat enzymów są prawdziwe?

g. zmieniają czy też wpływają na delta G,

d. enzymy przyśpieszają reakcję zwykle 10-10^6 razy w stosunku do odpowiedniej reakcji nie katalizowanej.

h. Wszystkie enzymy posiadają miejsce wiążące substrat,

c. Białka pełnią rolę enzymów w układach biologicznych

f. podwyższają delta G,

a. specyficzność enzymu oznacza zarówno zdolność enzymu do katalizy tylko reakcji specyficznego typu reakcji ściśle pokrewnych oraz wyboru substratów przekształcanego w produkt .

e. obniżają delta G,

j. Ponieważ enzym zmienia wartość entalpii swobodnej procesu tworzenia stanu przejściowego (S‡) reakcji, przyspiesza katalizowana reakcje w obie strony,

k. Ze względu na wysoką specyficzność substratową, związanie enzymu może doprowadzić, że reakcja odwracalna stanie się w praktyce nieodwracalną.

i. Enzymy katalizują reakcje dzięki temu, że są lepiej dostosowane do tworzenia substratów niż produktów reakcji.

b. enzymy katalizują przekształcenie zwykle o 10-10^6 cząsteczek substratu w czasie sekundy.

l. Enzymy wykazują wysoką skuteczność katalityczną, ponieważ ich miejsca wiążące są dobrze dopasowane do właściwego (-ych) substratu, analogicznie do tego jak zamek jest dopasowany do odpowiedniego klucza

Pytanie 55

6. Które z poniższych stwierdzeń na temat hamowania enzymu przez inhibitor konkurencyjny są prawdziwe?

b. Wartość Vmax wyznaczona w obecności inhibitora konkurencyjnego nie zależy od stałej hamowania.

e. Żadne ze stwierdzeń nie jest prawdzie.

a. Efekt hamowania inhibitorem konkurencyjnym można cofnąć przez dodanie dużego nadmiaru substratu w stosunku do stężenia inhibitora.

c. Dodanie inhibitora konkurencyjnego ma wpływ na szybkość maksymalną reakcji.

f. Dodanie inhibitora konkurencyjnego zmienia wartość stałej hamowania enzymu.

d. Wartość KM wyznaczona w obecności inhibitora konkurencyjnego nie zależy od jego stężenia.

Pytanie 56

4. Które ze stwierdzeń na temat witamin oraz koenzymów są prawdziwe?

a. większość witamin rozpuszczalnych w tłuszczach są prekursorami koenzymów.

c. tiamina jest prekursorem FAD

e. kwas nikotynowy jest prekursorem NAD+

d. Kwas pantotenowy jest prekursorem koenzymu A

b. witaminy z grupy B są niezbędne o utrzymania prawidłowej struktury białek tkanki łącznej ponieważ umożliwiają kowalencyjną modyfikację tych białek

f. pochodna witaminy D jest hormonem odpowiedzialnym za metabolizm wapnia i fosforu

Pytanie 57

3. Enzymy i kofaktory – które zdania są prawdziwe?

c. koenzym silnie związany z enzymem nazywamy grupą prostetyczną

b. koenzym to enzym bez swojego kofaktora

e. enzym to kofaktor luźno związany ze swoim enzymem

d. wyróżniamy dwa rodzaje kofaktorów, jony metali oraz koenzymy

a. Kofaktory (koenzymy) będące małymi cząsteczkami organicznymi są często pochodnymi witamin.

Pytanie 58

1. Na rysunku przedstawiono 2 wykresy Lineweavera-Burka, będące wynikiem eksperymentalnego pomiaru zależności prędkości reakcji od stężenia substratu w obecności oraz w nieobecności inhibitora. Które z poniższych stwierdzeń na temat tego układu eksperymentalnego są prawdziwe?

l. Użyto inhibitora w stężeniu równym KM dla substratu.

g. Stała Vmax tego enzymu względem substartu w obecności inhibitora wynosi około 0.66 µM/s.

f. Prosta A odpowiada reakcji biegnącej w obecności inhibitora.

a. Użyto inhibitora w stężeniu równym Ki.

b. Użyto inhibitora konkurencyjnego.

c. Stała KM tego enzymu względem substratu w nieobecności inhibitora wynosi około 3 µM.

j. Użyto inhibitora niekonkurencyjnego.

d. Stała KM tego enzymu względem substratu w nieobecności inhibitora wynosi około 1 µM.

k. Prosta B odpowiada reakcji biegnącej w obecności inhibitora.

i. Użyto inhibitora w stężeniu równym KM dla substratu.

h. Stała Vmax tego enzymu względem substartu w obecności inhibitora wynosi około 0.66 µM/s.

e. Użyto inhibitora w stężeniu dwukrotnie wyższym niż Ki.

Pytanie 59

2. Każdemu z kofaktorów z lewej kolumny przyporządkuj odpowiednie elementy strukturalne.

5’-deoksyadenozylokobalamina

wit B12

FAD

pierścień izoalloksazynowy

połączenie biotyny z lizyną (biocytyna)

biotyna

CoA

kw. pantotenowy

NAD+

dinukleotyd nikotynoaminoadeninowy

tetrahydrofolian

kwas foliowy

CoA

atom siarki

FAD, FMN

ryboflawina (wit. B2)

Pirofosforan tiaminy

tiamina (wit B1)

ATP

ma 3 reszty fosforanowe

NAD+, NADP+

niacyna

fosforan pirydoksalu

pirydoksyna (wit. B6)

Pytanie 60

5. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących modelu sekwencyjnego i jednoprzejściowego zmian allosterycznych w hemoglobinie są prawdziwe?

e. Model sekwencyjny zakłada, że tetramer hemoglobiny może występować tylko w jednej z dwóch konformacji – R lub T.

a. Model jednoprzejściowy zakłada możliwość istnienia tetramerów hemoglobiny składających się tylko z podjednostek o takiej samej konformacji.

f. Model jednoprzejściowy zakłada, że związanie liganda z podjednostką zmienia bezpośrednio konformację tylko tej podjednostki.

c. Dane eksperymentalne wskazują, że rzeczywiste zmiany allosteryczne zachodzące w przypadku hemoglobiny są zgodne tylko z modelem jednoprzejściowym.

b. Dane eksperymentalne wskazują, że rzeczywiste zmiany allosteryczne zachodzące w przypadku hemoglobiny są zgodne tylko z modelem sekwencyjnym

d. Model sekwencyjny zakłada możliwość istnienia tetramerów hemoglobiny składających się z podjednostek o różnej konformacji.

Pytanie 61

3. Które z poniższych stwierdzeń porównujących właściwość hemoglobiny i mioglobiny są prawdziwe?

j. powinowactwo hemoglobiny do tlenu jest regulowane przez organiczny fosforan, podczas gdy powinowactwo mioglobiny do tlenu

g. Wiązanie tlenu przez hemoglobinę zależy od stężenia BPG H+ oraz CO2, podczas gdy mioglobina wiąże tlen w sposób zależny tylko od BPG

k. mioglobina jest białkiem allosterycznym

m. hemoglobina jest tetramerem, mioglobina monomerem

n. mioglobina i hemoglobina to białka tetrametryczne

a. Hemoglobina jest multimeryczna, a mioglobina jest monomeryczna.

i. krzywa dysocjacji tlenu mioglobiny jest sigmoidalna, a hemoglobiny hiperboliczna

f. Hemoglobina jest białkiem tetrametycznym o stechiometrii α4 podczas gdy mioglobina jest białkiem monomerycznym

b. Współczynnik Hilla dla wiązania O2 jest mniejszy dla hemoglobiny niż dla mioglobiny.

e. Hemoglobina wiąże CO2 efektywniej niż mioglobina.

d. Wiązanie O2 przez hemoglobinę zależy od stężeń CO2, H+ i BPG natomiast wiązanie O2 przez mioglobinę nie.

l. powinowactwo mioglobiny i hemoglobiny do tlenu nie zależy od pH

h. Zmiany konformacyjne wywołane związaniem tlenu przebiegają w hemoglobinie zgodnie z modelem sekwencyjnym oddziaływań allosterycznych natomiast mioglobinie- zgodnie z modelem jednoprzejściowym

c. Hemoglobina wiąże O2 mocniej niż mioglobina w każdym zadanym stężeniu O2.

Pytanie 62

2. Które ze stwierdzeń dotyczących różnych izoform hemoglobiny są prawdziwe?

e. Hemoglobina A przeważa u dorosłego człowieka i ma budowę podjednostkową α2β2

b. Hemoglobina płodu ma wyższe powinowactwo do tlenu niż hemoglobina matki w obecności BPG.

c. Hemoglobina płodu ma wyższe powinowactwo do tlenu niż hemoglobina matki w nieobecności BPG.

a. Hemoglobina płodu ma wyższe powinowactwo do BPG niż hemoglobina matki

f. Hemoglobina F przeważa w ciągu ostatnich sześciu miesięcy życia płodowego człowieka i ma budowę podjednostkową α2ϒ2.

g. Hemoglobina o budowie podjednostkowej α2ϒ2 ma wyższe powinowactwo do tlenu niż hemoglobina A

d. Hemoglobina A2 przeważa na początkowym etapie życia płodowego człowieka i ma budowę podjednostkową α2δ2.

Pytanie 63

1. Które stwierdzenia dotyczące funkcji transportowej hemoglobiny są prawdziwe?

g. Wzrost stężenia CO2 ułatwia oddysocjowanie O2.

f. Spadek stężenia CO2 utrudnia oddysocjowanie O2.

h. Spadek pH utrudnia oddysocjowanie O2.

b. Gdyby istniała hemoglobina, w której wiązanie cząsteczki tlenu do pierwszej podjednostki utrudniałoby wiązanie tlenu do kolejnych podjednostek, to jej współczynnik Hilla byłby ujemny.

c. BPG stabilizuje formę R hemoglobiny przez co zwiększa jej powinowactwo do O2.

e. BPG stabilizuje formę T hemoglobiny przez co zwiększa jej powinowactwo do O2.

j. Wzrost pH ułatwia oddysocjowanie O2.

i. Utleniona hemoglobina łatwiej oddaje O2 w okolicy tkanek aktywnych metabolicznie (np. mięśni) niż w płucach.

a. Gdyby istniała hemoglobina, w której wiązanie cząsteczki tlenu do pierwszej podjednostki utrudniałoby wiązanie tlenu do kolejnych podjednostek, to jej współczynnik Hilla byłby mniejszy niż 1.

d. BPG stabilizuje formę T hemoglobiny przez co zmniejsza jej efektywność transportu O2.

Pytanie 64

4. Które zdania dotyczące podstawowych definicji immunologii są prawdziwe:

e. zwierzęta charakteryzują się duża różnorodnością komórek produkujących przeciwciała, a każda wytwarza przeciwciała o jedynej swoistości

a. przeciwciało (immunoglobulina, lg)to białko syntetyzowane przez zwierzęta w odpowiedzi na obecność obcej substancji zwanej antygenem

f. komórki produkują wiele różnych przeciwciał, z których każde rozpoznaje inną cechę powierzchni tego samego antygenu

d. antygenem mogą być białka, polisacharydy, kwasy nukleinowe

c. hapteny – małe, obce cząsteczki (np. syntetyczne peptydy) indukujące produkcję przeciwciał, zawierające epitopy i przyłączone do makro-molekularnych nośników

b. determinanta antygenowa (inaczej epitop) to specyficzna grupa lub zespół aminokwasów, znajdujących się na dużej cząsteczce rozpoznawana przez przeciwciała

Pytanie 65

5. Dopasuj odczynniki po lewej stronie z ich cechami na dole:

SDS

- związek wykorzystywany do elektroforezy w warunkach denaturujących

siarczan amonu

związek do wykorzystywania do krystalizacji i wysalania białek

ninhydryna

znacznik grup aminowych używany do oznaczenia składu aminokwasowego

chlorek dansylu

fluoroscencyjny znacznik N-końca białek

chlorowodorek guanidyny

silny denaturat

beta-merkaptoetanol

reduktor mostków disiarczkowych S-S

Pytanie 66

3. Pytanie o przeciwciała (poliklonalne i monoklonalne)

c. determinanta antygenowa to przeciwciała rozpoznające grupę aminokwasów na dużej cząsteczce

a. przeciwciała rozpoznają hapten na antygenie

b. przeciwciała monoklonalne mogą pochodzić od szpiczaka mnogiego

d. przeciwciała monoklonalne są homogenne

Pytanie 67

3. Proszę wskazać te z poniższych stwierdzeń opisujących metodę degradacji Edmana, które są prawdziwe.

c. Wykorzystuje sekwencyjne odcinanie reszt aminokwasowych od końca N, po uprzedniej reakcji polipeptydu z fenyloizotiocyjanianem.

b. Metoda ta pozwala na oznaczenie wyłącznie jednego aminokwasu z końca N polipeptydu, ponieważ uwolnienie znakowanego aminokwasu wymaga hydrolizy wszystkich wiązań peptydowych.

f. W środowisku lekko kwaśnym uwalniana jest cykliczna fenylotiohydantoinowa pochodna aminokwasu, po czym koniec peptydowy jest gotowy do kolejnego cyklu reakcji.

d. Pozwala ona na poznanie co najwyżej 15 reszt aminokwasowych w sekwencji peptydu od jego końca C.

h. Wykorzystuje sekwencję odcinania reszt aminokwasowych od końca N, po uprzedniej reakcji polipeptydu chlorkiem dabsylu,

e. aminokwasy odcinamy kolejno od C-końca

a. Metoda ta wykorzystuje fluorodinitrobenzen jako cząsteczkę znakującą koniec N polipeptydu.

g. Pozwala na poznanie nie wiecej niż 50 reszt aminokwasowych w sekwencji peptydu od jego C-końca.

Pytanie 68

2. Proszę wskazać te z poniższych stwierdzeń dotyczących technik biochemicznych wykorzystujących przeciwciała, które są prawdziwe. Wybierz co najmniej jedną odpowiedź.

e. Przeciwciała nie mogą być wykorzystane do oczyszczania białek poprzez chromatografię jonowymienną

f. Przeciwciała mogą być wykorzystane do oczyszczania białek poprzez chromatografię jonowymienną

b. test ELISA umożliwia zarówno wykrycie antygenu, jak i jego ilościowe oznaczenie.

d. test Western blotting umożliwia wykrycie białek rozdzielonych za pomocą elektroforezy żelowej

c. test ELISA nie może być wykorzystany do wykrycia danego przeciwciała w złożonych mieszaninach (np. we krwi)

a. test ELISA może być wykorzystany do wykrycia danego antygenu w mieszaninach złożonych (np. we krwi)

Pytanie 69

1.Które z poniższych stwierdzeń dotyczących oczyszczania białek są prawdziwe?

b. Dializa jest metodą często używaną do oddzielenia białek od małych cząsteczek.

e. Podczas chromatografii metodą filtracji żelowej najszybciej poruszają się i wypływają z kolumny najmniejsze białka.

m. Ultrawirowanie jest metodą służącą zarówno do rozdziału białek jak i oznaczenia ich masy cząsteczkowej.

h. Do związania białka o charakterze zasadowym z kolumną do chromatografii jonowymiennej używa się anionitu.

f. Podczas chromatografii metodą filtracji żelowej najszybciej wypływają z kolumny największe białka.

k. Podczas frakcjonowania białek wykorzystuje się ich zwiększoną rozpuszczalność w stężonych roztworach niektórych soli.

i. W procesie oczyszczania białka metodą chromatografii powinowactwa wykorzystuje się zdolność tworzenia przez białko wewnętrznych mostków dwusiarczkowych.

n. Elektroforeza dwukierunkowa to połączenie techniki elektroforezy typu SDS-PAGE i techniki Western blotting.

g. Do związania białka o charakterze zasadowym z kolumną do chromatografii jonowymiennej używa się kationitu.

l. Podczas frakcjonowania białek wykorzystuje się ich zmniejszoną rozpuszczalność w stężonych roztworach niektórych soli.

d. W technice chromatografii metodą filtracji żelowej, podobnie jak w elektroforezie żelowej, największe białka opuszczają żel jako pierwsze.

j. W procesie oczyszczania białka metodą chromatografii powinowactwa wykorzystuje się np. specyficzne oddziaływanie białka z przeciwciałami.

a. Rozpuszczalność większości białek nie zmienia się w stężonych roztworach soli.

c. Dializa jest podstawową metodą używaną do rozdziału białek niewiele różniących się wielkością.

o. Masę cząsteczkową białek można oznaczyć np. stosując metodę spektrometrii mas z użyciem elektrorozpraszania (electrospray) lub techniki elektroforezy natywnej.

Pytanie 70

6. Który zestaw połączeń aminokwasów z właściwymi typami łańcuchów bocznych jest właściwy:

Glu zasadowy

Glu kwaśny

Cys zawiera siarkę

Trp niepolarny aromatyczny

Lys kwasowy

a. Lys - zasadowy

Ser zawiera gr OH

Leu polarny

Leu niepolarny alifaityczny

Pytanie 71

2. Które z poniższych stwierdzeń dotyczących struktury harmonijki β w białkach są prawdziwe?

c. W strukturze równoległej grupy jednego aminokwasu oddziałują jednocześnie z odpowiednimi grupami dwóch aminokwasów na sąsiednim łańcuchu.

c. Są stabilizowane przez wiązania wodorowe łańcuchów głównych.

a. Podobnie jak helisy α są rozciągnięte.

h. W strukturze antyrównoległej grupy jednego aminokwasu oddziałują z odpowiednimi grupami drugiego aminokwasu na sąsiednim łańcuchu.

d. Są stabilizowane przez wiązania wodorowe łańcuchów bocznych.

f. Inaczej określa się je strukturą typu wstęga-zwrot-wstęga.

g. Zwroty β zwykle znajdują się na powierzchni białek.

e. Struktury β mogą być tworzone przez wiele łańcuchów.

i. W strukturze antyrównoległej grupy jednego aminokwasu oddziałują z odpowiednimi grupami jednego aminokwasu na sąsiednim łańcuchu.

d. Zwroty β często uczestniczą w oddziaływaniu białek.

b. Podobnie jak helisy α są cylindryczne.

Pytanie 72

Dopasuj

Izoleucyna

Treonina

Asparaginian/kw.asparaginowy

Prolina

Alanina

Tryptofan

Asparagina

Glitaminian/kw glutamionowy

Seryna

Walina

Metionina

Fenyloalanina

Arginina

Cysteina

Tyrozyna

Glutamina

Leucyna

Histydyna

Lizyna

Glicyna