Stosowanie metod dochodowych wyceny w praktyce napotyka pewne zasadnicze problemy, do których zalicza się:
konieczność właściwego oszacowania poziomu stopy dyskontowej
konieczność wyboru wielkości przyjmowanej jako miara dochodowości przedsiębiorstwa
konieczność ustalenia długości okresu prognozy
konieczność ustalenia podstawy sporządzania prognozy przyszłych wielkości kształtujących dochodowość przedsiębiorstwa