podstawowe zarzuty ekologów wobec żywności modyfikowanej genetycznie to:
GMO są zjawiskiem nowym i nie wiemy, jakie mogą być długofalowe skutki ich stosowania dla środowiska oraz zdrowia i życia człowieka
wprowadzenie GMO zaburzy równowagę ekosystemu,
przewidują oni możliwość mutacji roślin GMO, które mogą doprowadzić do powstania niezwykle odpornych superchwastów.
problem powstawania monokultur, co w przypadku epidemii nowej choroby roślin może skończyć się tragedią.