biolomolo kolo 2

transkrypcja operonu trp kontrolowana atenuatorem

krótki transkrypt liderowy kończy sekwencja poliU

reszty trp obecne obok siebie

niedobór trp, bo brak tryptofanylo-tRNA rybosom zatrzymuje się na sekwencjach kodujących trp

rybosom zatrzymuje się tak że transkrypcja zachodzi poniżej atenuatora

sygnałem terminacji transkrypcji jest część RNA o strukturze spinki do włosów przed kilkoma resztami UUUU

u E.coli wyspecjalizowane sygnały terminacji transkrypcji zwane atenuatorami dostosowują poziom transkrypcji określonych genów do potrzeb pokarmowych komórki

heksametryczne bialko rho jest ATPazą w obecności jednoniciowego RNA i uczestniczy terminacji transkrypcji niektórych genów E.coli

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę ER

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

wiążą się z rosnącymi łańcuchami polipeptydowymi

są powolnie działającymi ATPazami

kompleks ADP-chaoperon ma duże powinowactwo do białek rozfałdowanych

Fosforylacja domeny CTD jednej z podjednostek polimerazy RNA II umożliwia rozbicie czynników transkrypcyjnych TFII i zapoczątkowanie etapu elongacji transkrypcji.

Cztery reszty fenyloalaninowe białka TBP interkalują między pary odpowiedniej sekwencji DNA.

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie są odcinane po przejściu przez błonę

SRP zapobiega przed elongacją i fałdowaniem

rozfałdowanie łańcuchów polipeptydowych – optymalna substancja do transportu

edagowanie RNA może polegać na insercji lub delecji nukleotydów oraz na specyficznej deaminacji, kiedy cytozyna jest przekształcana w urydynę, a adenozyna w inozynę

Edycja RNA powoduje, że sekwencja aminokwasowa białka kodowanego przez transkrypt jest inna, niż wynika to z sekwencji kodującego je genu

W niektórych mitochondrialnych mRNA sekwencje, które mają być zmodyfikowane, rozpoznaje specyficzna cząsteczka RNA zwana przewodnikiem

Zachodzi już po transkrypcji

Zachodzi przy udziale enzymów, np. deaminaz

Splicing alternatywny jest jednym z rodzajów redagowania RNA

Podczas procesu splicingu omawianego typu zachodzą dwie reakcje transestryfikacji

Grupa 2’-OH reszty adenylowej intronu A atakuje atom fosforu w wiązaniu fosfodiestrowym w miejscu splicingowym 5’

Podczas splicingu katalizowanego przez spliceosomy tworzy sie struktura rozgałęziona w kształcie lassa

Centrum katalityczne spliceosomu tworzą snRNA U2 i snRNP U6

Podczas procesu splicingu katalizowanego prrzez spliceosomy zachodza dwie reakcje transestryfikacji

Spliceosomy sa duzymi kompleksami czasteczek snRNA wielu specyficznych białek oraz pre-mRNA

Ogon poli(A) jest spięty z końcem (‘kapem’) 5’ cząsteczki mRNA za pośrednictwem białka wiążącego ogon poli(A) (PABPI) oraz kompleksu eukariotycznych czynników inicjatorowych translacji, który wiąże się do “kapu”

Natywnym donorem reszt A jest adenozyno-5’-trifosforan

Poliadenylacja zwiększa stabilność cząsteczki mRNA oraz m.in wpływa na czas życia cząsteczki mRNA

Większość eukariotycznych mRNA ma na końcu 3’ ogon zbudowany z 5’monofosforanów deoksyryboadenozyny

Pierwotne transkrypty eukariontów rozcinane są przez specyficzną endonukleazę kompleksu rozpoznającego sekwencję AAUAAA.

Wybór miejsca startu translacji u Prokaryota zależy od oddziaływania regionu 5’-UTR transkryptu mRNA z małą podjednostką rybosomu

Translacja u Eukaryota rozpoczyna się od kodonu AUG, wchodzącego w skład sekwencji KOZAK, położonego najbliżej Cap-5’

Delecja sekwencji Shine-Dalgarno u Prokaryota prowadzi do spadku wydajności translacyjnej danego genu

Transkrypt mRNA u Prokaryota może zawierać kilka miejsc startu translacji

Jest przykładem grupy pierwszej splicingu autokatalitycznego

Miejsce splicingowe 5’ jest ustawione w odpowiedniej pozycji dzięki parowaniu się fragmentu sekwencji bogatego w pirymidyny, występującego w egzonie poprzedzającym intron i fragmentu bogatego w puryny, która występuje w sekwencji w intronie

Podczas tego splicingu dochodzi do tworzenia wiązań estrowych

Do splicingu tego pre-rRNA wymagany jest kofaktor w postaci GTP, GDP,GMP albo guanozyny

Kofaktor atakuje miejsce splicingowe 5' i tworzy wiązanie fosfodiestrowe z końcem 5’ intronu

Pre-rRNA zawiera specjalną „kieszeń” wiążącą kofaktor

Kapy” eukariotycznych mRNA zawieraja 7-metyloguanozynę

W strukturze “kap” występuje wiązanie 5’5’ trifosforanowe, które powstaje w wyniku ataku diforanu na atom fosforu w pozycji alfa cząsteczki dGTP

“Kapy” wpływają na stabilność mRNA, chroniąc koniec 5; przed przedwczesna degradacje oraz stymulują translację u Eukaryota w wyniku oddziaływania z czynnikami inicjatorowymi translacji

Koniec 5’ nowego łańcucha prokariotycznego mRNA zaczyna się od 5’-trifosforanu adenozyny lub 5’-trifosforanu guanozyny

Cząsteczki mRNA wielu ssaczych wirusów mają identyczne lub bardzo podobne “kapy” jak cząsteczki mRNA ssaków

Niektóre cząsteczki tRNA mogą rozpoznawać więcej niż jeden kodon

Jeżeli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się uracyl, to może on parować z adeniną lub guaniną w trzeciej pozycji kodonu

Jeżeli w pierwszej pozycji antykodonu znajduje się inozyna, to może ona parować z adeniną, uracylem lub cytozyną w trzeciej pozycji kodonu

Koniec 5’ wszystkich tRNA jest fosforylowany

Zawierają sekwencje CCA na końcu 3’ która przyłączana jest podczas procesu dojrzewania (edycji) tRNA

Zbudowane są m.in. z helikalnych regiowno polaczonych pętlami tak ze tworza przestrzenna strukturę w kształcie litery L

W cząsteczkach tRNA około połowa nukleotydów występuje w sparowanych regionach helikalnych

Typowy i akceptowalny poziom błędów syntetaz aminoacylo-tRNA wynosi mniej niż 1 błąd na 10^-4 włączanych aminokwasów.

Mimo iż Tyr różni się od Phe tylko obecnością jednej grupy hydroksylowej, syntetaza tyrozyno tRNA odróżnia tę… że posiadają aktywność korekcyjną.

Etap syntezy aminoacylo-AMP to pierwszy etap przeniesienia aminokwasu na tRNA katalizowanego przez syntetazę aminoacylo-tRNA

Inkubacja Leu-tRNA (TRP) z syntetaza tryptofanylo-tRNA może doprowadzić do korekcji tego aminoacylo-tRNA

Syntetazy klasy 1 to w większości monomery

Wysoka wierność translacji wynika z posiadania przez większość syntetaz aktywności hydrolitycznej w centrum korekcyjnym

Aminoacylo-tRNA może podlegać edycji przez syntetazę bez konieczności odłączenia od substratu i ponownym jego związaniu z enzymem

Fragment A toksyny błonicy prowadzi modyfikację reszty dyftamidu w czynniku EF2, co blokuje jego zdolność do przeprowadzenia translokacji podczas syntezy polipeptydu

Chloramfenikol jest antybiotykiem działającym na komórki prokariotyczne

Puromycyna jest inhibitorem translacji, ponieważ wiążę się do miejsca A rybosomu i hamuje przyłączenie nowego aminoacylo-tRNA

Rycyna blokuje działanie rybosomu poprzez modyfikacje rRNA na etapie elongacji

Erytromycyna wiąże się z podjednostką 50S i blokuje translokacje w prokaryota

Puromycyna jest antybiotykiem działającym na komórki prokariotyczne i eukariotyczne

Za przemieszczenie transkryptu, aminoacylo-tRNA i peptydo-tRNA wzgledem rybosomu odpowiedzialny jest czynnik białkowy zwazny translokazą (EF-G)

W zależności od fazy elongacji, część peptydylo-tRNA jest związana z miejscem P lub A rybosomu

Zdecydowana większość cząsteczek aminoacylo-tRNA wiążę się z miejsce A rybosomu

Czynnik EF-Tu dostarcza aminoacylo-tRNA do rybosomu

Czynnik EF-Tu wiąże się z każdym aminoacylo-tRNA oprócz fMet-tRNAi

W obecności kompleksu EF-G/GTP, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem A rybosomu

W obecności kompleksu EF-G/GDP, peptydylo-tRNA jest związany z miejscem P rybosomu

Czynnik EF-Ts pełni podczas translacji analogiczną rolę jak białko Sos w przekazywaniu sygnału przez białko Ras

fMet-tRNA zajmuje miejsce P

Czynnik EF-Tu należy do tzw. małych białek G.

Czynnik EF-Ts należy do czynników uwalniających nukleotydy guaninowe (GEF, ang. guaninenucleotide exchange factor).

Oddysocjowanie niewłaściwego aminoacylo- tRNA od rybosomu możliwe jest tak długo, jak odpowiedni czynnik elongacyjny, który dostarczył ten aminoacylo- tRNA do rybosomu, pozostaje związany z GTP.

Przejście od kompleksu promotorowego zamkniętego do kompleksu promotorowego otwartego jest kluczowym punktem inicjacji transkrypcji

Etap elongacji transkrypcji zachodzi w bąblu transkrypcyjnym, który porusza się wzdłuż matrycy DNA

Podjednostka sigma nadaje rdzeniowi enzymu zdolność inicjacji transkrypcji w miejscach promotorowych

Podjednostka sigma oddysocjowuje od holoenzymu często na wczesnym etapie elongacji transkryptu

Rejon zweirający polimerazę RNA, nić matrycową DNA oraz powstający RNA zwany jest bąblem transkrypcyjnym

Odpowiedzią E. coli na niedobór azotu jest synteza σ54

Odpowiedzią E. coli na podwyższoną temperaturę jest synteza σ32

Związanie TBP wywołuje w DNA duże zmiany konformacyjne prowadzące m.in. do zgięcia DNA

Związanie TBP wywołuje w DNA duże zmiany konformacyjne prowadzące m.in. do poszerzenia małego rowka DNA

Białko TBP jest składnikiem czynnika transkrypcyjnego TFIID, który rozpoczyna proces inicjacji transkrypcji