BioloMolo 2014

Krótkie interferujące cząsteczki RNA wiążą się z rybosomem, aby zapobiec translacji wirusowych mRNA.

Dwuniciowe cząsteczki RNA wiążą się z białkami, które blokują ich translację.

Dwuniciowe interferujące cząsteczki RNA są wytwarzane z prekursorowego RNA kodowanego w genomie komórki.

Antysensowne cząsteczki RNA przyłączają się do nie ulegającego translacji regionu 3’ docelowego RNA

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

Dwuniciowe cząsteczki RNA są cięte przez nukleazę na krótkie interferujące cząsteczki RNA.

Interferencja RNA może być przyczyną braku produktu białkowego kodowanego przez transgen.

Sekwencje które najprawdopodobniej do spełnianie swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

Sekwencje o długości 1­2 kb wyznaczające granice domen, tzw. domen funkcjonalnych charakteryzujących się zwartą strukturą

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

Sekwencje mające zdolność znoszenia efektu pozycyjnegoc ​(tak)​, przejawiającego się w nieobecności izolatorów zamiennością lokalizacji, w której wbudowywany jest rekombinowany gen.

Sekwencje które najprawdopodobniej do spełnianie swych funkcji wymagają białek wiążących specyficznie zarówno izolatory jak i sieć włókien zbudowanych z RNA i białek przenikających całe jadro.

Sekwencje utrzymujące niezależność domeny funkcjonalnej zapobiegają „wymianie informacji’’ między sąsiednimi domenami.

zawiera ona geny nieaktywne w pewnych komórkach lub na niektórych etapach cyklu komórkowego

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów.

można ją obserwować czasami w pewnych komórkach. – konstytutywna – zawsze zwarta, ​występuje stale we wszystkich komórkach

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

jest ona głównym składnikiem ludzkich chromosomów płci

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

w rejonach, w których występuje heterochromatyna konstytutywna można zaobserwować przy pomocy mikroskopu elektronowego pętle zbudowane z włókna chromatynowego

jest jednym z głównych składników chromosomu Y

w jej skład wchodzi np DNA centromerów i telomerów.

w jej skład wchodzi DNA nie zawierający żadnych genów.

w jej skład wchodzi DNA nie kodujący żadnych genów

zawiera ona DNA który ma zwartą strukturę

Moduły konstytutywne

Moduły odpowiedzi(response modules)

Moduł w kształcie palca cynkowego

Moduły komórkowo specyficzne

Moduły regulatorów rozwoju

Moduły represorów

Moduły odpowiedzi(response modules)

Inicjacja transkrypcji u Eukaryota różni się od inicjacji transkrypcji jaka ma miejsce w komórkach bakteryjnych, między innymi tym, że podstawowy poziom inicjacji transkrypcji eukariotycznej jest stosunkowo wysoki dla większości promotorów, z wyjątkiem najsłabszych

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona.

Koaktywator, to białko, stymulujące inicjację transkrypcji przez specyficzne bezpośrednie wiązanie DNA.

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Powszechną cechą aktywatorów transkrypcji jest ich zdolność do bezpośredniego oddziaływania z kompleksem preinicjacyjnym polimerazy RNAII przez tzw. domenę poliprolinową

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Aktywatory transkrypcji są istotne dla inicjacji transkrypcji przez polimerazy RNAII i RNAIII, natomiast ich rola w przypadku polimerazy RNAI przeprowadzającej transkrypcję wielokrotnie powtórzonej jednostki transkrypcyjnej zawierającej sekwencję kodującą niektóre z rybosomalnych RNA nie jest dobrze określona.

Ilość zachodzących inicjacji transkrypcji polimerazy RNAII, zależy od tego, które moduły promotorowe danego genu w danym czasie są związane ze specyficznymi białkami

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne oddysocjowują od promotora ale promotor jest ciągle eksponowany, co umożliwia szybkie ponowne zbudowanie kompleksu inicjującego

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA, TFIIH) pozostają związane z ​polimerazą RNA ​umożliwiając reinicjację

Domena C­końcowa (CTD) polimerazy jest zaktywowana ze względu na defosforylację jaka miała miejsce w czasie pierwszej inicjacji

Wszystkie podstawowe czynniki transkrypcyjne pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Niektóre podstawowe czynniki transkrypcyjne (TFIID, TFIIA i TFIIH) pozostają związane z promotorem umożliwiając reinicjację

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C​ ​ pasowałoby, gdyby było u Procaryota

U procaryota - Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C

Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzi w kierunku C­>N.

Wiąże cząsteczkę GTP potrzebną w procesie formowania kompleksu inicjacyjnego.

łączy inicjatorowy tRNA z dużą podjednostką rybosomu w czasie inicjacji translacji.

Blokuje łańcuch boczny Met tak, że nie może ona oddziaływać z czynnikiem inicjacyjnym IF­3.

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

U procaryota - Blokuje grupę aminową Met, dzięki czemu translacja zachodzie w kierunku N­>C

żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z dwóch subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z czterech subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Typowa sekwencja ARS jest zwykle dłuższa niż oriC w genomie E.coli

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B2

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B3

Typowa ARS, autonomicznie replikująca sekwencja, składa się z czterech subdomen A i B1 które razem stanowią sekwencję rozpoznawaną przez białka inicjacyjne kompleksu ORC.

Identyfikacji sekwencji istotnych dla inicjacji replikacji DNA w tych komórkach dokonano stosując techniki badawcze wcześniej użyte do ustalenia sekwencji oriC bakteryjnego.

Topnienie struktury podwójnej helisy DNA w miejscu inicjacji replikacji zachodzi w obrębie subdomeny B2

Kompleks ORC działa jako pośrednik pomiędzy miejscem inicjacji replikacji z sygnałami regulacyjnymi odpowiedzialnymi za koordynację inicjacji replikacji z cyklem komórkowym.

laktoferyna, białko znajdywane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów.

związek sygnalizacyjny, który jest białkiem, może działać, na przykład przez oddziaływanie z ​eksonowymi wzmacniaczami lub wyciszaczami ​składnika​ RNA.

bezpośrednie oddziaływanie związku sygnalizującego z białkiem regulacyjnym obecnym w komórce ma miejsce tylko w przypadku komórek eukariotycznych

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu latozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywnośći cyklazy adenylowej.

aktywatory transkrypcji, należące do nadrodziny receptorów jądrowych, są głównym celem dla hormonów steroidowych ­ związków sygnalizujących wnikających do komórki i kordynujących szeroki zakres aktywności fizjologicznych u wyższych eukariontów

żadna z powyższych informacji nie jest prawdziwa.

laktoferyna, białko znajdywane w mleku ssaków, a w mniejszej ilości w krwioobiegu pełni rolę zewnątrzkomórkowego związku sygnalizującego, który może stymulować transkrypcję specyficznych genów.

rola glukozy, w odpowiedzi diauksycznej operonu latozowego polega na tym że wywiera ona pośredni wpływ na aktywator kataboliczny (CAP, ang catabolite activator protein) dokonuje tego przez hamowanie aktywnośći cyklazy adenylowej.

Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do promotorów, aktywujące ekspresję genów.

Metylacja DNA de novo

Metylacja DNA de novo sktutkuje przyłączeniem grupy metylowanej do reszty ​G(guaniny)​(C­cytozyny!) wchodzącej w skład niektórych sekwencji 5’­CG­3’ a u roślin 5’­CNG­3’.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowanych do DNA, w miejscach komplementarnych do miejsc metylowanych w nici rodzicielskiej.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Metylacja DNA de novo to u myszy proces metylacji zależny od metylotransferaz DNA kodowanych przez geny Dnmt3a i Dnmt3b.

Metylacja DNA de novo, to przyłączenie grup metylowych do DNA w nowym miejscu, prowadzące do zmiany wzoru metylacji genomu.

Inteina jest usuwana bezpośrednio po zakończeniu transkrypcji, czemu towarzyszy łączenie zewnętrznych segmentów, t.j ekstein

Większość intein zidentyfikowano w białkach wyższych eukariotnów

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do ​usuwania​ specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

po wycięciu inteiny, eksteiny łączone są przez specyficzną ligazę białkową

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA

Inteina to zewnętrzny lub wewnętrzny fragment białka usuwany przez cięcie proteolityczne prowadzące do powstania aktywnego białka.

Niektóre z intein są specyficznymi endonukleazami zdolnymi do ​usuwania​ specyficznej sekwencji DNA w allelu który nie zawiera sekwencji kodującej inteinę

Wycinanie intein jest odpowiednikiem wycinania intronów z pre­mRNA

remodelowanie

Przemieszczenie trans

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Acetylacja

Ubikiwitynacja

Metylacja

sumoilacja (dołączenie białka SUMO)

Acetylacja

Ubikiwitynacja

Metylacja

rejon –35

kaseta CAAT

kaseta Pribnowa

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych...

kaseta Hognessa

rejon –35

kaseta Pribnowa

kaseta Pribnowa

sekwencja zawierająca wiele reszt purynowych...

kaseta CAAT

rejon –35

kaseta Hognessa

kaseta CAAT

kaseta Hognessa

RLFP

Kosmidy mają 100kpz

Klonowanie DNA­ dogodnymi wektorami do klonowania są bakteriofagi i plazmidy

Southern

Biblioteki genomowe

Yac­i

Southern

Biblioteki genomowe

topoizomeraza I tnie dwie nici, topoizomeraza II tnie jedną nić odwrotnie

odp z SSB

Jest semikonserwatywna

nie potrzebuja ATP

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

Jest semikonserwatywna

gyraza­ wymaga ATP, odpowiada za superskręty

białaczka

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

3 etapy­ etap drugi temperatura nie zależy od długości startera; od długości startera zależy czas  trwania drugiego etapu

potrzebuje dwóch starterów komplementarnych do siebie jak w metodzie dideoksy

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

białaczka

wymaga polimerazy DNA i czterech deoksynukleotydów

pozwala na wykrycie niewielkich wirusów

Rożne rodzaje przeciwciał powstają przez ...

10^8

V,D,J,C

Rózne ramki odczytu

10^8

V,D,J,C

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez  błone

uwolnienie SRP z rybosomu powoduje zahamowanie elongacji polipeptydu

cząsteczka rozpoznająca sygnał (SRP) jest białkiem składającym się z 7 a­ helis

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie sa odcinane po przejściu przez błonę ER

Cykl ATP­ADP...

SRP zapobiega przedwczesnej elongacji, a przez to fałdowaniu się białka

Rozfałdowane łańcuchy polipeptydowe są optymalnymi substratami do transportu przez  błone

wewnętrzne sekwencje sygnałowe nie sa odcinane po przejściu przez błonę ER

Telomeraza jest polimerazą RNA zależną od DNA.

Terapia powodująca inaktywację telomerazy powinna być skuteczna w walce z rakiem,  tylko wtedy gdy aktywacja telomerazy jest przyczyną powstania raka, a nie skutkiem.

Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, które wiąże się z  powtarzającymi się sekwencjami telomerowymi

Żadne z powyższych twierdzeń nie jest prawdziwe.

Telomeraza syntezuje tylko jeden z łańcuchów polinukleotydowych telomeru korzystając z  matrycy bogatej w reszty G

Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek­ enzym jest aktywny w  komórkach embrionalnych, natomiast po urodzeniu jego aktywność przejawia się w  komórkach rozrodczych i macierzystych.

Aktywność telomerazy jest kontrolowana przez białko TRF1, które wiąże się z  powtarzającymi się sekwencjami telomerowymi

Telomeraza jest aktywna w wybranych typach komórek­ enzym jest aktywny w  komórkach embrionalnych, natomiast po urodzeniu jego aktywność przejawia się w  komórkach rozrodczych i macierzystych.